全国制覇したイガラシから引き継ぎ、近藤を新キャプテンとして動き出した墨谷二中は、春の選抜でベスト８に食い込む。ラフプレイが続出した富戸中との準々決勝で、選手層の厚さの片りんを見せつつも惜しくも敗れたナインは、夏の大会での雪辱を誓い練習に励む…！！

都会の路地裏（バカレイ ）にひっそりと存在する「犬童医院」。”手術の神様"とあだ名される無免許の闇医者・犬童辰次と、その弟でモグリの保険屋・犬童亥三は、金さえ受け取ればどんな医療行為でも請け負うアンダーグラウンドな闇医者稼業を営んでいる。借金のカタに身を売られてきた看護師・雪野鈴や、医院にやっかいな依頼を持ち込むヤクザ・甲斐らが関わり、一癖も二癖もあるいわくつきな患者たちとの命のやり取りが日々行われていた。 新シリーズでは、元の場所を追われた犬童兄弟が新天地で新たな敵を追いかけながら、次々と持ち込まれる難患者と対峙してゆく。信じるのは金と己の腕前のみ。新・犬童医院、ここに開院！