ゲーム版では隠されていた設定をオリジナルスタッフの芝村裕史が再構築し、長田馨がその圧倒的な画力で描き出す。芝村姉妹、厚志の過去、そして熊本要塞戦の真実の物語──。
5121小隊との接触で、速水厚志への憎悪を隠さない秋草。その夜、熊本のはずれに中型幻獣・ゴルゴーンが突如出現した。戦闘へ向かう小山率いる歩兵小隊のバックアップとして、神楽&秋草の愛機・騎魂号がついに動きだす!
熊本近郊へ押し寄せる幻獣群。独断専行で迎え撃つ5121小隊。秋草らは5121小隊の人型戦車の運用法を探るべく最前線へ赴くが…!?
5121小隊を中心に熊本城を守る学兵部隊の前に、圧倒的な数で押し寄せる幻獣の群れ。敗戦必死の戦線に、神楽は大量破壊兵器の投下を提案する。だがそれは友軍をも巻き込む危険な計画だった……。感動の最終巻!