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追記です。

舞台は日本でしたが、世界が荒廃していた訳でもなく、技術が発達して空を飛べるようになったりした近未来の世界線でもなく、不良でもない普通の日常を送る高校生が何かの敵と異能力で戦う漫画でした。
異能力は生まれついてのものではなく、何かのきっかけで後天的に得たか目覚めたものだったと思います。

変身とかしますか？武器使ったりとか…バトルの特徴があったら教えてほしいです。

変身はしていたかはっきり覚えていないです。。。ただ、普通の制服では戦っていませんでした。スーツや軍服に似た黒めのコスチュームを女の子が着て戦っていたと思います。そういうコスチュームに装備が上付けされていた印象があります。

武器は使っていました！刀での切り合いや銃を使うシーンがありました！ただ、本当に申し訳ないのですが、武器の名前だったり、「伝説の武器」のような設定のものがあったかは覚えていません。。。個人が持つ能力的なものを使ったバトルもあったのではないかと思います。

バトルは普通の家の屋根を飛び回りながら戦うシーンがあったのを覚えています。序盤は夜に主人公が生活している街で戦うことが多かった印象があります。ただ、全てが現実の世界での戦いというわけではなく、異世界のような謎の空間でも戦っていました。

異世界からの侵略してくる敵を止めるために戦う話だったんじゃないかなと思ってます。。。

男子高校生2人の容姿は覚えてますか？

はっきりとは覚えていないのですが、２人とも短髪だったと思います。

主人公はベタが塗られていない短髪でした。襟足とかはあったので、刈り上げではなく、一般的な男子高校生キャラクターの髪型だったと思います。特にイケメンなどの設定はなく、普通の高校生でしたが、明るくて強気な性格でした。少年・青年漫画の主人公らしいキャラクターだったと思います。

もう一人の子は、主人公の相棒的なポジションで、主人公と似たような髪型でしたが、ベタで塗られていたと思います。クールイケメンキャラだった印象があります。

2人ともシャツにスラックスの制服を着ていたと思います。ネクタイやブレザーを着ていたかははっきり覚えていません。

身長はどちらも同じくらいだったと思います。多少の高低はあったかもしれませんが、2人が並んだ立ち絵で大きな身長差はありませんでした。

絵やキャラクターの立ち絵は、大雑把にいうとバクマンやBLEACHに似た雰囲気があったような気がします。ただ、バトル系だったので、その絵柄+アニメよりの肉感があったと思います。線とベタがはっきりしていました。