心に深い傷を追い、日本から消えた五代雄介（クウガ）。だが、その間にも「ゴ」のグロンギ・ジイノによる新たな殺戮（ゲゲル）が開始される。人間の赤ん坊を抱え、ゲゲルを行うジイノに人類は翻弄される。いっぽうその頃、津上翔一は地下アイドルのさやかと出会い、心を通わせていくが、彼女には誰にも言えぬ秘密がありーー!?