逃走したレオンは、ヴォルフたちと共にもうひとりのラピス（少年体）が眠っているアイスランドへと向かった。その途中、老人になってから“賢者の石”を飲み、長い人生を歩んできたレオンの息子・バルタザールが永遠の眠りについた。同じ頃アイスランドでは少年体のラピスが目を覚まし、地元の少年・ヨーンに助け出されていた。偶然、街でヨーンに出会ったレオン一行は、彼と共に氷河麓のラピスのもとへと向かおうとするのだが、秘密結社のショルター大佐にラピス（少女体）を奪われてしまう!!ホムンクルスは完成するのか？そして、最後に“賢者の石”を手にする者とは……!?
