トウジを死なせてしまった事で落ち込むシンジの前に、不思議な少年が現れる。フィフス・チルドレンだと名乗るその少年・渚カヲルに、出会ったばかりのレイと同じものを感じるシンジ。シンジに付きまといネルフまできてしまったカヲルは、そこでエヴァとシンクロできずに悩むアスカと小競り合いをする。その直後使徒が襲来。今度の使徒は心理的に不安定なアスカに精神攻撃を仕掛けてきた。母親とのつらく苦しい過去をえぐり出されてしまったアスカ。「ロンギヌスの槍」でレイが何とか使徒を撃破するが、アスカの心はすでに崩壊してしまっていた。アスカの代わりに弐号機のパイロットに就任しシンジに急接近するカヲル、トウジに続きアスカも救えず苦悩するシンジ、そのシンジをそっと見守るレイ…それぞれの心が揺れるなか、さらに新たな使徒が襲い掛かる…。