国立防衛中学「NERV」では謎の巨大生命体との決戦に備え、新兵器「エヴァンゲリオン」のパイロットを育成している。世界中から有能なゲーマーを集めた学園で、シンジ達は「エヴァ」のパイロットになれるのか!?

西暦2000年、南極に隕石が落下。かくして有史以来の大カタストロフィー「セカンド・インパクト」が起こった。それから15年、新たな危機が人類を襲う。「使徒」襲来である。使徒に対抗すべく、人類は汎用人型決戦兵器「エヴァンゲリオン」を開発。そして、パイロットに選ばれた「３人の少年少女」たちの戦いが、今、始まる――。

ある日の朝、碇シンジは通学途中に一人の少女と偶然ぶつかってしまう。少女の名は「綾波レイ」。シンジのクラスに転校生としてやってきた謎多き少女だ。TVの「エヴァ」とは違った設定で贈る「学園エヴァ」第１巻!!

シンジが悶え初号機が吼える!?ガンダム漫画で一世を風靡したトニーたけざきが放つエヴァ漫画！待望のコミックス!!!

第３新東京市ねるふ学園中等部に通うシンジのクラスは、番長のエヴァンチョーに天才帰国子女のアスカ、飲んだくれ美人教師のミサト先生等々、個性的な面々ばかり。エヴァ初の４コマ連載！待望の第１巻！

シンジが事件に巻き込まれて行った先…そこは加持リョウジが所長を務める「加持探偵事務所」。助手の渚カヲルとともに、事件解決をすることになってしまったシンジの運命は！？今までの常識を覆すエヴァコメディ★

第３新東京市で父ゲンドウ・母ユイと一緒に暮らすシンジ。幼なじみのアスカと一緒に登校してはトウジ、ケンスケにからかわれる日々を送るシンジは、ある日帰宅すると、不思議な雰囲気を持つ少女レイと出会う――。