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兄・エドワード・エルリック、弟・アルフォンス。2人の若き天才錬金術師は、幼いころ、病気で失った母を甦らせるため禁断の人体錬成を試みる。しかしその代償はあまりにも高すぎた…。錬成は失敗、エドワードはみずからの左足と、ただ一人の肉親・アルフォンスを失ってしまう。かけがえのない弟をこの世に呼び戻すため、エドワードは自身の右腕を代価とすることで、弟の魂を錬成し、鎧に定着させることに成功。そして兄弟は、すべてを取り戻すための長い旅に出る…。
東部辺境の町・リオール、炭鉱の町・ユースウェルを経て、東部の中心「イーストシティ」へと、エルリック兄弟の旅は続く。『焔の錬金術師』ロイ・マスタング大佐と軍の面々に迎えられた2人は、『綴命（ていめい）の錬金術師』タッカーと、その娘ニーナに出会う。そこでしだいに明らかになる、神に背きし者の背負いし罪と罰…。さらに“神の意思の代行者”をみずから任じ、国家錬金術師のみをつけ狙う宿敵『傷の男（スカー）』との遭遇!!人ならざる存在であるラスト、グラトニーらも暗躍を開始し、物語は大きくうねり始める！
故郷「リゼンブール」へ戻る途中、元国家錬金術師のドクター・マルコーと出会い、『賢者の石』に関する情報を入手したエドとアル。故郷で2人を待っていたのは、幼なじみで機械鎧（オートメイル）整備師のウィンリィ、そしてその祖母、スゴ腕の機械鎧整備師ピナコ・ロックベルだった。ひとときの休息ののち、2人は意を新たに、ドクター・マルコーが隠した『賢者の石』の秘密を求めて、国家の中枢「セントラル」へ向かう。そこで2人が知る驚愕の真実とは!?そしてついに、エンヴィーとラストがエドの前に姿を現す！
機械鎧（オートメイル）の故障により、エンヴィーとラストを前に為す術もなく敗北を喫したエド。そのときアルもまた、自分と同じく鎧に魂を定着させた存在バリー・ザ・チョッパーとの戦闘で耳にした聞き捨てならない言葉により、心に大きな傷を負っていた…。人間の存在定義、兄弟の絆、『賢者の石』をめぐる人ならざる存在の暗躍、そして軍内部に忍び込んだという不穏分子の存在…。過去の紛争を調べていたマース・ヒューズ中佐が気づき、盟友ロイ・マスタング大佐に伝えようとしたこととは!?
『賢者の石』の秘密を知り、元の身体に戻る別の方法を探すエルリック兄弟。人体錬成のナゾを解くため、2人の錬金術の師匠を訪ねることを決意し、ウィンリィとともに再び列車の旅へ。その途中立ち寄ったラッシュバレーは、「機械鎧（オートメイル）技師の聖地」と呼ばれる新興の街。自身も機械鎧技師であるウィンリィは、見るもの聞くものすべてに興味津々だった。そんな中、エドの機械鎧に興味を持った群集たちが彼を取り囲む。やがて騒動が治まったときには、「国家錬金術師の証」である銀時計が盗み去られていた！
愛する母を亡くした喪失感から、幼き兄弟は錬金術による再生を試みようとする。それが「この世の理(ことわり）」を越える禁忌とも知らず…。2人の前に現れた錬金術師・イズミ。彼女の能力を目の当たりにした兄弟は、即座に弟子入りを申し込む。年端もいかぬ少年の願いに、イズミは１か月の試験を課して兄弟の才能を計ることに。その内容とは、「無人島で１か月間、錬金術を使わずに生き抜くこと」だった。そしてついに、『鋼の錬金術師』誕生の裏に隠された“あの日”の全容が明かされる!!
「おまえの秘密を知っている」。ある日メッセージを受け取ったアルは、それを送りつけた者の正体を探るため、単身、工場跡地へ乗り込む。そこで待っていたのは、人ならざる能力を持つナゾの集団。彼らの正体は、軍の研究機関によってヘビや犬と合成された《合成獣》（キメラ）だった！さらに、集団を率いるグリードは、みずからを《ホムンクルス》（人造人間）と告げ、不死に近い生命力を示す。弟の危機を知ったエドは!?ついに人知を超えた戦いの幕が切って落とされる！
ウロボロスの入れ墨を持つ《ホムンクルス》の集団と『賢者の石』。軍内部にも何らかの繋がりがあると感じたエルリック兄弟は、軍部の動向を探りつつ旅を続けることに。一方、「セントラル」に移ったロイもまた、処刑されたはずの死刑囚バリー・ザ・チョッパーとの出会いによって軍上層部の不穏な動きに注目する。東方の「シン国」からは“不老不死の法”を求める皇子リン・ヤオ、練丹術師メイ・チャン。さらには『傷の男』スカーまでが動き出し、『賢者の石』を巡る物語は複雑な様相を見せ始める！
マース・ヒューズの死。セントラルに戻ったエド、アル、ウィンリィの３人は、期せずしてその訃報を知ることになる。そして、ヒューズ殺害の犯人として連行されたのは、あのマリア・ロス少尉だった!!バリー・ザ・チョッパーの手引きにより、脱獄するロス少尉。しかし、その先にはロイが待ち構えていた…。ロスの死に直面したエドたちは!?今まさにロイが、リンが、ホムンクルスと対峙する！
バリー・ザ・チョッパーを追って第三研究所へ向かうロイたち一行。そこにはウロボロスの入れ墨を持つホムンクルスのラストが待ち受けていた！一方、エンヴィー、グラトニーと交戦するリンもまた苦戦を強いられていた。驚異の再生能力を誇るホムンクルスを前に活路を見出すことができるのか!?
リゼンブールで邂逅したエドと父・ホーエンハイム。そこで残された父の言葉にひとつの疑問を抱くエド。真実を知ろうとするエドは埋葬した「あれ」を掘り起こす。そして残酷なまでの現実に直面する。真理は残酷だが正しい…だが、それは新たな希望の始まりでもあった…。セントラルへ戻ったエドは、『賢者の石』の情報を得るため、リンたちと共同戦線を張ることに。そしてホムンクルスをおびき出すべく傷の男・スカーと再び対峙するのだった！
ホムンクルスを捕縛すべくリンと共同戦線を張るエルリック兄弟は、再び傷の男・スカーと相まみえる。一方、リンとランファンはおびき出されたグラトニーと、キング・ブラッドレイと対峙する。しかし、圧倒的な戦闘能力を誇るホムンクルスを前に絶望の淵へと追い詰められていくのだった……。果たして、エドたちはホムンクルスを捕らえることができるのか？そして、交戦のさなかウィンリィは両親の死の原因を知る……。
エンヴィー、グラトニーVSエド、アル、リン！その激闘はあっけなく幕切れを迎える。全てを“飲み尽くす”グラトニーの異能力によって…。現実と真理の狭間にある広大な空間に閉じ込められたエドとリンは、エンヴィーと一時共闘することによって困難を打破しようとする。しかしエンヴィーの口から次々と明かされる『賢者の石』を巡る策謀の数々に、愕然とするエド。時を同じくして、大総統府へ乗り込んでいたロイもまた、国家を巻き込むホムンクルスの陰謀を知ることになる…。
ホムンクルスに「お父様」と呼ばれるナゾの男。その姿形はエルリック兄弟の父ヴァン・ホーエンハイムと瓜二つだった!!男が操る等価交換の法則を無視した圧倒的な力を前に、為す術なく捕らえられるエドとアル。そしてリンは体内に賢者の石を流し込まれそうになる。だが、そのとき彼は不老不死の秘密に迫るため、自ら賢者の石に取り込まれることを決意する！
「賢者の石」「軍部に暗躍するホムンクルス」。すべての謎がある一点を指し示す…、その名は《イシュヴァール殲滅戦》。軍事国家として急成長を遂げるきっかけとなった最大の内乱は、エドやスカーの出現により新たな解釈とともに再構築される。ロイ、リザ、マルコー、アームストロングとノックス、そしてスカー。固く口を閉ざし語られることのなかった過去が、今明らかになる。
北へ!!ホムンクルスが「お父様」と呼ぶ男によって錬金術の発動を止められたさなか、メイとスカーが使用した東方の錬金術『錬丹術』の謎を追うことに。メイが北へ旅立ったという情報を得た兄弟は一路、北方司令部よりさらに北に位置する隣国ドラクマとの国境付近を目指す。「賢者の石」を体内に隠すキンブリーの出獄！“ブリッグズの北壁”アームストロング少将登場！物語は新たな局面に向けて静かに動き出す。
ブリッグズの地下にホムンクルスが掘り進めていた地下道。アメストリス国を大きく囲むように掘られたそれは、ある錬成陣を浮かび上がらせる。ホムンクルスの目的、そして血に塗れた国の歴史が明らかになる!!
ウィンリィを人質に、紅蓮の錬金術師キンブリーから軍に従うよう脅されたエドは、スカーの捜索に乗じて脱出する作戦を実行する。そして、両親の仇であるスカーと再会したウィンリィが下した決断は…。
明らかになってくる、中央司令部とホムンクルスの関係。野心がせめぎ合う中央司令部。その地下で、ホムンクルスの「お父様」は始まりの夢を見る…。一方、キンブリー達の手から逃れるため、エドはブリッグズ兵達と一計を案じる。賢者の石を持つキンブリーを倒すことはできるのか!?
多くの人を犠牲に作られる賢者の石…その罪に苛まれてきたマルコー。ただ嘆き悲しんできた過去を振り切り、償うことを決意する！強大なホムンクルス・エンヴィーに対抗するマルコーの秘策とは!?そして中央では、軍上層部へと入り込んだアームストロング少将に中央軍の邪悪な秘密が語られる…。状況は巡り、物語は大きく動き始める!!
最後の戦いに向けて、スカーが、アームストロング少将が、マスタングが準備を進める。エドもまた、アルやホーエンハイム達と合流するため、中央へ向かう。しかしそこに、プライドがグラトニーと共に襲い来る!!エドはホムンクルスを退けることはできるのか?!絶体絶命のその時、強力な助っ人が現れる!!
ついにマスタング率いる東の軍部が、セントラルでクーデターを開始する!!小数ながらも圧倒的な実力差で中央軍を翻弄するマスタング達。その混乱に乗じて、北の軍部・ブリッグズ兵達も中央に姿を現し、さらにエドやホーエンハイム達が中央の「お父様」の下へと急ぐ！しかしその前に、地下に眠る「不死の軍団」が産声を上げる…!?
それぞれの前に最強の敵が立ちはだかる!!中央のスラム街ではアルがプライドとキンブリーに立ち向かう！中央司令部では「不死の軍団」、さらに現れた最速のホムンクルス・スロウスに、アームストロング姉弟が激突する！そして中央深層部では、ついにマスタングが仇敵・エンヴィーと対峙する!!
エルリック兄弟の師・イズミも参戦し、ますます激化する中央司令部での戦い。その中でホーエンハイムは単身、中央深層部の中核に辿り着いていた…。ホーエンハイムと血を分けたその分身、フラスコの中の小人（ホムンクルス）との人知を超えた戦い。一進一退のその攻防に終止符を打ったのは!?
人質を取られ、真理の扉を開くよう強要されるマスタング。大切な者の命を前に、選んだ答えは…。その頃、アルの魂は真理の扉の前に引き寄せられていた。扉の前に座り込む人影。ついに肉体と魂が巡り合う…。失った肉体を前にアルが下した決断とは!?
ついに揃った5人の人柱。国土錬成陣が発動し、闇が世界を覆う…!!神の力を手にしたフラスコの中の小人（ホムンクルス）の圧倒的な力。そして錬金術を封じられたエドやアル達。絶体絶命の危機に、対抗する術（すべ）は…！
最強の敵を前に、追い詰められるエド。兄の危機を助けるため、アルは扉を開くことを決意する…!!戦いの行方は!?そして、兄弟が辿り着いた答えとは…!?Ｎｏ．１ダークファンタジー堂々完結!!!外伝「もうひとつの旅路の果て」も収録。
伏線も綺麗にまとめてるし少年漫画として100点満点のラストだと思う 一番好きなシーンは「まるで神への祈りじゃないか」のとこ