こんばんは。コメント失礼します。
お探しの作品ですが、宇月あい先生の『人間削除』ではないでしょうか？主人公の実家が神社で、ある特殊な能力を持っている…と言う話です。
リンクを貼っておきますので。ご確認ください。
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