五十嵐進吾は遊山駅を担当している入社2年目の駅務員。柵を越えて駅に入る乗客を注意して突き飛ばされたり、落し物を届けてくれた人の連絡先を聞き逃して駅掌の成田源太郎・通称ナリゲン師匠から怒られたりと様々なことが起きていたが、ある日駅前にある『ちくま菓子店』の高代由留からナリゲンの体の具合が悪いのではないかと尋ねられる。商店街の人からは手術で入院と聞き、日頃から厳しくされている進吾は入院してくれるならありがたいと思うが…。
星野鉄郎は少年から青年へと成長を遂げていた。一緒に旅を続けていたメーテルと別れ、荒廃した地球で希望を捨てず、人類の未来を信じ戦い続ける鉄郎は、クイーンエメラルダスより衝撃的な事実を告げられる。そして鉄郎は3度目の、「銀河鉄道999」での旅に出るのだった…。