謎の招待状によって集められた中学生４人。ジャン・ポールと名乗る老人の試練に見事打ち勝ち、彼らは「少年探偵団」として認められる。ナイフ使いの羽柴壮助、格闘少女七月響子、名うてのハッカー神埼謙太郎、二重人格少女　夢野美香。彼らは大都会・新宿を騒がす怪人　髑髏王と怪物体θ（シータ）の噂…、その怪しく邪悪な意志に立ち向かう為「少年探偵団」として活動する事に。