『３×３ＥＹＥＳ＜サザンアイズ＞』高田裕三が描く、新世紀のボーイ・ミーツ・ガール。テロリスト“アンバック”によって国連から「巨大聖櫃（ヘヴィアーク）」二基が強奪された。「巨大聖櫃」に眠る「地球外機甲化ＡＩシュネルギア」を起動する適合者として選ばれた高校生の二ノ宮シロは、同じくシュネルギアを操る国連のパイロットの少女・ブランカと激突する―――。与えられた運命を壊すための二人の戦いの旅が、ここから始まった―――！