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そういえば純粋な疑問なんですが、女の子×男の娘や女の子×無性or両性って百合に入るんですか？
明確に決まってなくてもいいので教えてください。

男の娘やトランス女性（MtoF）は一般的に百合では無いと考えられています。

肉体的に女性なら無性、両性でもあるかもしれませんが、（特に男性の体で）無性、両性をもし百合というなら、そこに危険がないかどうかは注意しなくてはいけないし、受け入れられない百合好きもいる事に配慮はいるかと思います。

勿論、様々な性の在り方がある事は承知した上で、あくまでも「百合」はそういうものだ、という話です。

連投すみません。
例えば無性だと今日こんな作品が上がっていました。

とある理由でこれは「百合」とはあまり言いたくない作品なのですが、女性同士の関係性がとても良い作品ではあります。
私はこういう作品を「ロマンシス」という語で言ってみたりしています。

ちょっと自分でも気になって調べてたんですが、とある18禁ゲームで女の子×男の娘を「百合」として発表して炎上したという事例もあるんですね。
TS（性転換）物については人による部分が多いみたいですね。

百合として紹介されなければ、男の娘でもTSでも良い作品はあります。あくまでも百合としてはいけないという事なので。

それとは別に、トランス女性の方が差別無く生きられる世界になる事は心から祈っております。

これ自分も見たんですけどなんとも言えない気持ちになったんですよね。
なんというかこの作品の「普通」というのが少し昔の物に感じてしまって、今って彼氏彼女を作らない若い人って多くなってて、さらにLGBTQIAとかの理解も深まっていて、そこら辺が自分は引っかかってしまって100%楽しめなかったんですよ。

古いという感じ方はもちろん、それぞれだと思うのですが、事実としては世界的調査で「身近に性的マイノリティがいるか？」という設問に日本人は5%の人がイエスと答えた、というものがあります。つまり理解は進んでいても言い出せる土壌が無い。

例えば漫画界でも、少女漫画雑誌に婚姻届の付録が付いたりする。ヘテロ恋愛→結婚観の強化。進んでいる部分もありつつ、変わっていない、あるいは後退する部分もある。

最近流行りの社会人百合を読むと、男女の恋愛、結婚観に縛られるというテーマが読み取れます。例えば百合漫画大賞第二位の『欠けた月とドーナッツ』。最近だと『みんな私のはらのなか』。あとは『私の拳をうけとめて！』なんかも良いですね。