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自転車での日本一周をめざし、友人の陣太郎と共に旅に出た輪太郎。その途中、秩父山中の町で、有力者を父にもつ矢倉大吾と出会う。傍若無人に振舞う矢倉の鼻柱を折るため、祭りの催しで行われる自転車大会に出場した輪太郎。妨害に遭いながらも、何とか矢倉を負かし、賞品でもらったブタを引き連れて秩父越えに挑む。

奥秩父を越え、長野に入った輪太郎。しかし、その先の道をめぐって陣太郎と対立。諏訪から木曽の妻籠をとおって地獄谷へ行こうとする輪太郎に対し、小諸を通ることを主張する陣太郎。結局、ふた手に分かれて地獄谷をめざすことに…。諏訪湖、長野駅、善光寺を抜け、地獄谷へ向かう輪太郎。しかし、そこには雪深い山道が待ち受けていた。

山形の天童へと辿り着いた輪太郎は、陣太郎と共に泊めてくれる寺を探し奔走。だが、なかなか見つからずに四苦八苦。ようやく王将寺なる寺に泊めてもらえることになるのだが、スパルタ和尚相手に悪戦苦闘。しかし、一宿一飯の恩に報いるため、掃除と雪かきをする二人。そんな二人にものすごい褒美が待っていた…!?

秋田で出会った日高剣吾を加え、輪太郎たちは青森へと向かう。ようやく辿り着いた恐山で、いたこから、大きな不幸の色が見えると言われ、輪太郎は動揺する。そんな矢先、母親が胃潰瘍で入院したことを知り、そのことを無視してまで日本一周をやりとげる価値があるものかと悩みはじめるのだが…。

北海道へと上陸した輪太郎たちは、途中知り合った女子サイクリストグループに同行。陣太郎やなまはげが女の子と仲良くしているのを横目に、サイクリストの理想のリーダー像をめぐり朝川陽子と火花を散らす輪太郎。そうこうしているうちにすっかり打ち解ける二人だったが、悲しい別れの時が迫っていた。

走行プランで対立し、札幌駅を出発点にそれぞれ別コースで北海道をまわることにした三人。日本海に出た後、旭川経由で太平洋側をめざす輪太郎は、途中、日本一周に憧れる少年・小原正太と出会い同行する。しかし、自転車での旅を簡単に考えている正太に対し、それがどんなに大変なものかを分からせるため、輪太郎はあの手この手で…。

悪路に悩まされながらも、ようやく釧路に辿り着いた輪太郎。すでにタイヤの寿命が限界に達していたたため、宿泊先のユースホステルに送ってもらうよう、東京の父にハガキを出していた。しかし、二日経っても郵便は届かず焦る輪太郎。一方、父はここで甘やかしてはいけないとタイヤを送らずにいたのだった。

知床半島の山中で出会った金髪ヒッチ・ハイカーのリンと共に、輪太郎はウトロ港へと向かう。そこで、団体旅行に来ていた隣家の公害オヤジ・田沼と出くわし、すっかりリズムを狂わされてしまう。ようやくリン、田沼のオヤジと別れた輪太郎は、一人網走をめざす。その頃、陣太郎は屈斜路湖、ナマハゲは根室にいた。

長旅の疲れと雨に濡れたことが影響し、輪太郎は士別市に着くなり倒れてしまう。ばんえいの競走馬を育てる熊次郎に助けられた輪太郎は、ギックリ腰になった熊次郎の代わりに馬の面倒を見ることに…。陣太郎たちと宗谷岬での再会を約束した日まであと二日となるが、輪太郎は出発を切り出せずにいた。

丸二日間寝ずに走り続けた輪太郎は何とか宗谷岬に到達。陣太郎、ナマハゲとの再会を果たす。再び三人で旅をスタートさせるが、そんな時輪太郎たちの名を名乗り、あたかも自分たちが日本一周をしているように吹聴してまわる三人組が現れる。どちらが本物かをめぐり自転車勝負することになるが…。

北海道を離れ、再び青森に戻った輪太郎たち三人だったが、北海道一周が目的だったナマハゲは故郷の秋田へと帰って行った。一方、輪太郎と陣太郎は浅虫温泉で出会った旅館の娘・ユミを引き連れ八戸に到着。そんな中、途中立ち寄った氷屋になんと秋田に帰ったはずのナマハゲが働いていた!?

鹿児島からやってきた無銭旅行の名人・南郷秀丸と同行した輪太郎たちは、宮城の唐桑半島に到着。そこで、再びナマハゲと再会するが、またケンカ別れしてしまう。最初は南郷を尊敬していた輪太郎も、仮病を使って食事や寝床にありつくなど、人を騙すことばかりする南郷に嫌になって…。

山梨第五高等学校のサイクリング部と同行することになった輪太郎たち。しかし、その中のハミ出し者二人組み、黒木と荒巻に邪魔され恥をかかされる。そんな中、山を下る途中にブレーキが効かなくなった黒木を、輪太郎が身を呈して助けたことがきっかけで、黒木たちの態度が変わりはじめる。

猪苗代にいた輪太郎のもとに、父が頭にケガをして危ないという電報が届く。父のことが心配な輪太郎は、日本一周をあきらめて東京へと帰る決心をする。一方、東京では入院しているはずの父が、なぜか元気に自転車屋の仕事をしていた。そこに、ナマハゲが現れて一大騒動を巻き起こす。

高崎で知り合った女性サイクラーの山口正美と、彼女の実家がある横須賀へ向かった輪太郎。お互いに好き合っていた二人だったが、正美は自分と旅を続けることが輪太郎にとって良くないと、わざと突き放す。正美と別れ再び陣太郎、ナマハゲと合流した輪太郎は、一人の老人サイクラーと出会う。

日本一周は一人でやるべきだと考えたはじめた輪太郎は、陣太郎とナマハゲが目を離した隙に置手紙を残し、一人で大菩薩峠を登りはじめる。しかし、折からの大雨の影響で足を滑らせ、崖から転落。急性気管支炎に加え、転落の際に足をケガし動けなくなった輪太郎は生死の淵を彷徨うことに…。

資金が底をつきはじめた輪太郎は、行く先々でアルバイトを探すがなかなか見つからない。ようやく一晩で50万円稼げるという仕事にありつくが、それは何と銀行強盗の片棒だった！寸前のところで、銀行襲撃を未遂に終わらせ、警察の感謝状を受け取った輪太郎。心を新たに下田から石廊崎へと向かう。

愛知県に入った輪太郎は、北設楽郡の花祭りを横目に先をめざし快走を続ける。しかしその途中、輪太郎の後をつけてきた一台のトラックが急に暴走をはじめ輪太郎はひき殺されそうに…。誤解により生じたことで、幸いにも命が助かった輪太郎はついに岐阜県へ到達。そこで、一人の女の子と出会う。

富山に入った輪太郎は、チンドン屋のアルバイトをしていたナマハゲに再会。チンドン屋を追い出されそうになっていたナマハゲを助けるため、アルバイトを手伝うことにするのだが…。輪太郎一人がもてはやされることナマハゲは嫉妬、輪太郎と決闘するといきり立つ。二人の関係にまたヒビが…。

陣太郎が大阪で自転車を盗まれたことを知った輪太郎とナマハゲは、陣太郎のことが気になりながらも、金沢観光をしてから大阪へ向かうことにする。そんな中、ローラスケートで日本一周をしている一人の男と出会う。何とその男は、ローラースケート元日本チャンピオンの山川隆だった。

痔で早く走ることの出来ない輪太郎と別れ、先に大阪へ着いたナマハゲ。しかし、４日たっても陣太郎に会えずイライラする。そんな時、ひょんなことから出会った酔っ払いオヤジが、陣太郎のダルマ号を所有していることを知り喜ぶナマハゲ。ようやく大阪に辿り着いた輪太郎と共に陣太郎を探す。

陣太郎の自転車が盗まれたことがきっかけで再会したのも束の間、また別々に走ることにした三人。三重県に入った輪太郎は赤目四十八滝へと向かうが、赤目忍者サイクリング部なる地元の不良グループに邪魔される。難を逃れ、ようやく赤目四十八滝へと辿り着いた輪太郎は再び陣太郎と再会する。

真珠島から伊勢に戻ろうとしたナマハゲだったが、途中、白バラ寮なる養護施設に雇われ遊具を作るアルバイトをする。美人の島田先生や生徒たちに惜しまれつつ施設を後にしたナマハゲは潮ノ岬へ向かう。だがその途中の夜道で、崖から転落してしまう。果たしてナマハゲは無事なのか…!?

ケガをしたナマハゲの分も自分が走ろうと、再び日本一周の旅をスタートさせた輪太郎。潮ノ岬で出会った一匹のシェパードにすっかりなつかれ、陸中と名付けて行動を共にするが、輪太郎の勘違いから保健所送りにしてしまう。もう一度陸中に会いたいと願う輪太郎は、陸中が脱走したニュースを知り…。

入院中のナマハゲはようやく松葉杖をついて歩けるまでに回復。しかし、白バラ養護施設の島田先生が見舞いに来ないことにショックを受け、日本一周を断念して故郷の秋田に帰ると言いだす。その後、島田先生の本当の気持ちを輪太郎から知らされるが、実家の大工を継ぐ気持ちは変わらないと言う。

高知県に入った輪太郎は安芸市、南国市を抜けて高知市へと辿り着く。そこで、スケートボードに乗る一人のおてんば少女と出会う。ひょんなことから少女を助けた輪太郎は、大きなおみやげ屋を営む彼女の家に泊めてもらうことになるのだが――。手厚いもてなしの裏には輪太郎が知らないある策略が…。

足摺岬に向かう途中の七子峠で、愛車フェニックス号の前輪が外れるというアクシデントにあった輪太郎。修理が済むと再び足摺岬をめざし走り出すが、弱気になっているせいか徳島でケンカ別れしてしまった陣太郎のことが気にかかる。一方、陣太郎も輪太郎を追いかけ足摺岬をめざしていた。

足摺岬で再会し、仲直りした輪太郎と陣太郎。再び二人で走り出すが、その矢先、陣太郎が足の肉離れを起こして動けなくなる。闘牛を飼っている家に世話になる二人だったが、輪太郎は家主にすっかり気に入られてしまう。そして、ケガで倒れたその家主に代わり闘牛大会で勢子をつとめることに…。