2004年、瀕死の老刑事に「おまえの父親は、三億円事件の犯人だ」と告げられた少年は、2010年高校１年生に。そんな彼は父親が残した剣道着の垂れから三億円事件のものと思われる五百円札を発見してしまう。さらに数日後、育ての親である小田切（おだぎり）夫妻が失踪してしまった。運命の輪に巻き込まれた少年は日常を取り戻すため、真実を知るため、三億円事件の謎に挑戦する!!謎が謎を呼ぶ。罪が罪を引き起こす。列島縦断クライムサスペンス。

2010年、幼少時に瀕死の老刑事から「おまえの父親は、三億円事件の犯人だ」と告げられた少年・大和（やまと）は、「三億円事件の真相」を知っていると思われる殺人警官・関口（せきぐち）に人生を滅茶苦茶にされてしまう!!生きるために、真相を明らかにするために大和は反撃に出るが……!!そして時は三億円事件の２年前、1966年――。すべては、この時から始まっていた――。列島縦断クライムサスペンス！

「三億円事件の真相」を知っていると思われる殺人警官・関口（せきぐち）に冤罪をかけられ追われるハメになった大和（ヤマト）。生きるために、三億円事件の真相を知るために大和は反撃に出るのだが……。蠢く泰成（タイセイ）、謀る関口！“神の島”にて未来（ミク）を待ち受けるのは……地獄!!“三億円事件の犯人の息子”大和、その真相に近づくことができるのか!!?列島縦断クライムサスペンス!!

「三億円事件の犯人の息子」であるという大和（やまと）。殺人警官・関口（せきぐち）に冤罪をかけられ逃走するも、何者かの助けもあり、広島県の厳島で関口を捕まえることができた!!しかし、形勢逆転を果たした大和を、最悪の罠が襲う!!彼が疑わなくていいのは、事件を知る老刑事が告げた“誰も信じてはいけない”という言葉のみ――。“はじまりの地”で、大和は新たな真実を得ることができるのか!?

“三億円事件の犯人の息子”大和を襲う……“現代の修羅”＆“昭和からの挑戦状”!!三億円事件の真相はいかに!?列島縦断クライムサスペンス!!――三億円事件が起きた地・府中を訪れた大和たちは、老刑事・東海林（しょうじ）の身元を調べ始める。そこで、謎の男・川崎雄大（かわさき・ゆうだい）の若かりし姿が写った三億円事件当時の写真を見つけた大和たち。そんな彼らに殺人鬼・朝霧（あさぎり）の毒牙が襲い掛かる！彼らは事件の真相に近づけるのか!?

三億円事件の実行犯と思われる川崎雄大（かわさき・ゆうだい）などが写った事件当時の写真と、ローラー作戦を想起させる内容が入ったフロッピーディスクを見つけ出した大和（やまと）。そんな彼だが、関口（せきぐち）と繋がりがある謎の眼鏡男の指示を受けた殺し屋大学生・朝霧（あさぎり）に拉致、監禁されてしまう！さらに水原（みずはら）も!!緊縛状態の大和と水原は脱出できるのか!?さらに蠢く関口、謀る泰成（たいせい）!!

三億円事件が起きた府中を訪れた大和と未来と水原は、度重なる危機を潜り抜け「三億円事件に関わる写真」や「ローラー作戦のデータが入ったフロッピー」などを見つけ、事件の真相に近づく。しかし殺人警官・関口に追い詰められてしまう！彼らを救ったのは、「三億円事件」に関わったと思われる男・川崎雄大!!雄大の命と引き換えに助かった２人は、事件の真相を明らかにするため、東京から出ることを決めるが……。

大和（やまと）と未来（みく）は三億円事件が起きた地・府中で事件に関わる写真とフロッピーを手に入れた。殺人警官・関口（せきぐち）に追い込まれるなどの度重なる危機を潜り抜け、三億円事件の犯人の１人と思われる響子（きょうこ）ギブソンに会うため沖縄へ！しかし彼らは、三億円を狙う欲望の権化、鬼畜親父・鈴木泰成（すずき・たいせい）の養父と、どんな罪も許さない切れ者刑事・真玉橋（まだんばし）に狙われることに!!

三億円事件が起きた地・府中で事件に関わる写真とフロッピーを手に入れた大和（やまと）たちは、「三億円事件の犯人の１人」響子（きょうこ）ギブソンに会いに沖縄へ。そこで２人は、確実に三億円事件に沢田（さわだ）が関わっていたことや、事件を起こす直前に急遽アジトを変えたなど、新たな真実を手に入れた。だが、三億円を欲する鬼畜で下劣な“鈴本”が忍び寄る……。さらに大和たちを苦しめる関口（せきぐち）兄弟の、地獄の幼少期も収録。

大和（やまと）たちは、三億円を狙う鬼畜親父・鈴木（すずき）に卑劣な罠を仕掛けられる!!さらに、沖縄県警のエリート刑事・真玉橋（まだんばし）に容赦なく迫られ、かつてなく追い詰められる……。大和たちは逃げ切れるのか!?大和vs.鈴木vs.真玉橋!!三つ巴の謀略合戦、いよいよクライマックス!!そして、徐々に明らかになる三億円事件“後”の真実……。謎の男・スグロとは何者か!?さらに、事件の鍵を握る男たちが蠢き、謀る！

大和（やまと）と未来（みく）は、沖縄で“犯人の一人”響子（きょうこ）ギブソンに会い、徐々に真相へ近づいていく。逃亡先で、響子を想い続ける米兵のハリーが、三億円事件後の真実を語り始めるのだった。その内容は、三億円事件の黒幕について、そして響子の元恋人であり実行犯の一人・望月竜（もちづき・りゅう）の“その後”について……。一方、大和たちは、ハリーの協力を得て、いよいよ“北”へと向かう!!

広島→東京→沖縄と経て徐々に真相へと近づいていく大和（やまと）たちは、米軍関係者・ハリーの協力を得て、鈴木が残したメモを手掛かりに北海道へと向かう！2人を待ち受けているのは!?そして、泰成（たいせい）が、関口（せきぐち）兄弟が、川崎雄大（かわさき・ゆうだい）が怪しく動き始める……!!関口兄弟の青春時代に宿る“闇”を描いた過去編も収録！さらには夏美（なつみ）と水原（みずはら）が……。クライムサスペンス、怒涛の加速!!

殺人警官・関口（せきぐち）に冤罪をかけられ逃走することになった大和（やまと）たち。広島→東京→沖縄を経て北海道の夕張に向かった大和たちは、辿り着いた場所で未来（みく）の両親が監禁されていると推理し、救出作戦を開始する!!一方、泰成（たいせい）・雄大（ゆうだい）・欽一（きんいち）が、それぞれの思惑を胸に蠢き出す……!!

未来（みく）の母・小田切葉子（おだぎり・ようこ）の口から明かされた“衝撃の事実”に唖然とする大和（やまと）と未来。煩悶する大和たちの前に、突如あの男が現れる!!窮地に立たされた時、大和の“本性”が試される！一方、本格的に三億円事件の捜査に乗り出した真玉橋（まだんばし）が北海道へと向かう！破滅と衝撃が加速する【北海道編】、堂々のクライマックス!!そして、物語は怒濤の最終章へ――!!

北海道で未来（みく）と別れた大和（やまと）は、一人東京に降り立った。そして関口欽一（せきぐち・きんいち）を脅迫し、鈴木泰成（すずき・たいせい）とともに三億円事件の黒幕・沢田（さわだ）と対面することに成功する。だが、老獪な沢田が手練手管を弄して大和たちを翻弄する……。怒号と嘲笑が飛び交う中、大和は真相に迫ることができるのか？緊迫の対決から始まる【最終章】、怒濤の開幕―――!!

水原（みずはら）の遺したペンダントの中にあったメモから衝撃の真実を知った未来（みく）は、ある作戦を実行するため一人TV局へ!!そして大和（やまと）は、悲痛な覚悟と銃を持って、関口（せきぐち）兄弟との最終決戦に臨む!!別行動を取ることとなった大和と未来、幼なじみ二人にとっての「三億円事件」は、引き下がれない最終局面へ突入!!

関口（せきぐち）兄弟との最終決戦を挑んだ大和（やまと）だが、目論見は失敗に終わり、二郎（じろう）に銃口を向けられ絶体絶命――!!さらに三億円事件の主犯のひとりである国会議員・沢田（さわだ）が、ある決断をもって再び開いた緊急会見で、鳴り響く銃声――!!1968年12月10日から40数年の時を経て、ごく普通の高校生・鳴海（なるみ）大和に突如立ちはだかった「お前は三億円事件犯人の息子だ」という言葉。物語はいよいよ真実のクライマックスへ!!