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野球好きの社長に拾われ、何とか大山田出版の仮編集部員となった山下たろ～。だが、配属された先は廃刊寸前のコミック誌「コミックショーネン」の編集部。だが、そんなことはおかまいなし。たろ～は売るためになりふり構わず、ありとあらゆるところに出没し宣伝しまくる。そのひたむきな姿にうたれた編集長の村西は、たろ～に新人漫画家の森川を任せる。

「コミックショーネン」は仮編集部員となったたろ～の活躍で徐々に部数を伸ばしはじめる。その矢先、少年コミック誌の覇権を賭け、最低コミック誌「コミックショーネン」とナンバー1コミック誌「ギーガ」との草野球対決が行われることに…。試合当日、「ギーガ」のメンバーに海空高校時代の同僚・須永がいた！試合は予想どおり「ギーガ」の圧勝ムード。果たしてたろ～はどうするのか!?

ナンバー1少年コミック誌「ギーガ」との草野球対決に挑んだ「コミックショーネン」だったが、いきなり初回に4点を取られる苦しい展開。投げられない自分が歯がゆいたろ～は、何とかしようと投球練習をはじめる。たろ～のひたむきな姿にうたれた他の選手たちも必死に頑張り、徐々に点差が縮まる。そして、投げられないはずのたろ～がついに…。

「コミックショーネン」の人気作品『改造ねずみハムちゅー仮面』にアニメ化の話が舞い込む。話を持ち込んだアニメ制作会社の社長・川柳は、その昔海空高校の試合を見て勇気付けられた一人だった。だが、アニメ化を実現するためにはスポンサー、監督、声優など難問が山積み。たろ～はそれらを解決するため、懸命に奮闘する！

アニメ『改造ねずみハムちゅー仮面』がヒットし、「コミックショーネン」も飛躍的に売行きを伸ばす。そんな中、編集長の村西は100万部突破の秘策として元人気漫画家・小松崎たかしの連載をはじめる。だが結果は惨憺たるもので、「コミックショーネン」は部数を落とす。苦悩する小松崎にもう一度面白い漫画を書いてもらおうと、たろ～はある策を講じる。

作品を生み出せない小松崎を蘇らせるため、たろ～は魂で小松崎に訴え続ける。それに応え小松崎が完成させた『素浪人スペースゴクドー』は好評を得て、「コミックショーネン」は再び息を吹き返す。そして、ついに100万部を突破！その功績として、たろ～は山田社長より手作りの仮社員証をもらう。

再び草野球で対決することになった「コミックショーネン」と「ギーガ」。近藤に須永、熊田の三人が助っ人として加わった「コミックショーネン」に対し、「ギーガ」には何と海空高校時代のライバル、江河原高校の吉田と北野がいた！史上最高VS史上最強、そしてナンバーワンコミック誌の座を決する戦いが幕を開ける!!

「コミックショーネン」編集部に、突如辰巳の姉がやってきた。辰巳は財閥の長男で、父親が亡くなったときに家を継ぐことを約束していたために連れ戻しにきたのだ。辰巳はもう「コミックショーネン」に戻らないのでは…。誰もがそう思う中、たろ～だけは辰巳は信じていた。果たしてたろ～の想いは、辰巳に届くのだろうか!?

財閥のあとを継ぐか、それとも「コミックショーネン」の仕事を続けるかで悩む辰巳。一方、藤井とともに「コミックショーネン」の増刊号を任されたたろ～は、須永の原作をかたちにするために小松崎、犬井、森川、中津川による魂の大合作を完成させる。そして、増刊号としては異例の50万部を売り上げる。

これまでの功績が認められ、ついに大山田出版の正社員となったたろ～。次なる目標は、「ギーガ」を超えること。しかし、その前に「ギーガ」の新編集長・早乙女と新編集部員の山田が立ちはだかる！そんな折、相談役派の陰謀で書店研修をすることになったたろ～。そこには、大魔道書店の店長“新入社員殺しの大魔道”が待ち受けていた！