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目立たず、いてもいなくても変わらない存在だった藤ヶ谷咲（ふじがや さく）。咲は、ある日電車で「桜」という名前の人に助けられたことをきっかけに、自分も困っている人をほっておかないと心に決める。時は流れ、入学した高校で「桜」と呼ばれる男の子に出会って…!?　ピュアで、切ない恋のつぼみが今、開きはじめる――！

1945年9月、東京。焼け野原になった街の裏側で、ある戦後処理が行われていた。731部隊による人間兵器、その残党の殲滅である。不死身の少女兵士・砕花（さいか）は、生きて自由を得るため、死神と恐れられた衛生兵・近衛勘九郎（このえ・かんくろう）を部下に、同胞殺しの任に就く。