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岡島緑郎は旭日重工の会社員。重要なディスクをボルネオ支社まで船で運ぶ役目を担っている。だがその途中、「ブラック・ラグーン」と名乗る４人組に襲われ、緑郎は人質に取られてしまった。ブラック・ラグーンはクライアントからの注文を忠実にこなす裏社会の運び屋だ。旭日重工は東南アジアへの非合法ルートを使って密貿易をしていて、クライアントは自分たちもそれに一枚噛ませろと要求してきて…!?

青年実業家の透野隆一は南米のマフィアから２人の美少女殺し屋を買い付ける。翠と藍と名付けらた彼女たちは透野の命令で、彼の妻子を殺した人間を狩ることに。だがその道行きで別の殺し屋女子たちと出会い、事態は思わぬ方向へ加速していくのだった…。