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「宇宙戦艦ヤマト」などでおなじみのＳＦ漫画界の巨匠・松本零士が描いた、刀の達人であり近眼で小柄な日本人・トチローが活躍する西部劇アクションコミック！皆殺しにされた家族の仇討ちのため、そして生き残った仲間を探すために、西部の町で旅を続けていたトチローと早撃ちの名手・ハーロックは、謎の美女・シヌノラと出会い……!?

東京は上野の一画にある「新東京博物館」では現在、アミューズメント・パークの建設が進行中。このアミューズメント・パークは“楽しく遊ぶ”をモットーにする革新的な考えを持つ理事長の構想によるもの。そして、その目玉となるものが入館者が太古の世界をバーチャル体験できる“スーパーＥ”だった。この“スーパーＥ”とは、超弩級ニューロ・チップＡＩ（人工知能）で、インプットされた白亜紀の情報と６千万年にわたる自然淘汰の歴史から、自ら生物進化の歴史を再現していくコンピュータ。計画では、このコンピュータの中で再現されている「恐竜が闊歩している時代（白亜紀後期）」を来館者がバーチャル世界で体験できるのだ。しかし、まだ開発中の段階の今は、この“スーパーＥ”によってバーチャル世界で体験できるのは館員では新人の森高弥生ただ一人だった……。

天才科学者・岸和田博士は、人類の発展に貢献する成果を残している一方で、己の探究心のためならば人類滅亡に繋がりかねない危険な実験もいとわないマッドサイエンティスト！そのため周りの一般市民を巻き込み大騒動になる事も少なくない……のだが、超天才であることを理由に国際法によって手厚く保護されているのだった！（本人はその事知らず）今日もまた「こんなコトもあろうかと」!!

西暦2199年。地球は外宇宙からの侵略者・ガミラスの遊星爆弾によって滅亡の危機に瀕していた！もはや滅亡を待つだけかと思われた地球人類のもとに、惑星イスカンダルより通信カプセルが届く。カプセルには「放射能除去装置・コスモクリーナーをイスカンダルまでとりにきなさい」というメッセージと、ガミラスの戦艦に対抗できる波動エンジンの設計図が入っていた。設計図をもとに宇宙戦艦ヤマトを完成させた人類は、イスカンダルに向け、今、ヤマトを発進させる！