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江戸で流行し、不治の病といわれるテング熱。その熱病を治す救い主が現れ、不思議な覆面のその救い主は、どんぐり天狗と名乗る。幼い兄妹の母親がテング熱に侵され、兄の銀之助は母親を救うため、どんぐり天狗に会いに江戸へ向かう。その道中、鷹に襲われる鷺を助けようと、鷹を殺してしまう銀之助。だがその鷹は、将軍が大事にしている鷹で…。

三太がに組のまとい持ちになってから、毎回、名誉の一番乗りはに組と、他の組から羨望の的。今回の火事場でも一番乗りを果たした三太だが、火事場の雰囲気がおかしいことに気づく。そして、屋敷の中から助けを求める人の手を、人間とは思えぬ毛むくじゃらの手が掴むのを目撃してしまう…!!　崩れ落ちる寸前の屋敷の中で三太が見たものとは!?

トップ少年の叔父・バイブル博士が発見したファール彗星が太陽系に近づき、地球に激突する可能性があることが発覚する。地球人類滅亡の危機に、人間たちはパニックに陥る。一方、野心を抱き、研究に没頭するジョン・ストレートの発明は、完成すれば地球を救うことができると、ジョンの妹・チェリイから聞いたトップ少年。しかし、肝心のジョンが行方不明になってしまい!?

夜もふける頃、今川源左エ門の屋敷に隠された江戸城秘図を狙って、まぼろし頭巾と名乗る男が屋敷に忍び込む。秘図を奪ったまぼろし頭巾は、源左エ門の息子・千太郎に対して、江戸城秘図を返してほしければ、まぼろし城まで来いと言い、去って行った。大ケガを負った父に代わり、まぼろし頭巾を追ってまぼろし城に向かう千太郎。だが、千太郎の行く手には数々の苦難が待ち受けていた！

世界を思うがまま動かすことができると、人工頭脳にそそのかされた原賀黒志は、人工頭脳を造った、恩師の志根博士を射殺してしまう。そして、山田博士の円盤ロケットの設計図を奪おうと画策するが、巨人16号に阻止され失敗する。一方、人工頭脳は出府野博士が完成させた巨大ロボットを奪い、巨人16号と闘わせようとするが…。