宇宙ステーションが完成した近未来。あきら少年の父親でロケット発着所の所長、山田博士が赤いこうもり団に拉致された。彼らの目的は宇宙ステーションに乗り込むため、山田博士を利用すること。父の山田博士捜索の任務に志願するあきら少年だが、子供には無理と断られてしまう。だが、そんなあきらの前に現れたのは、超人ロボット探偵、巨人16号だった!!