ネオサイタマはネオカブキチョ、ニチョームストリートで繰り広げられるイクサ! ニンジャスレイヤー、シルバーキー、ヤモト、ネザークイーンの四忍がプロセッサーを追い詰める。その時、レッドゴリラとアロンダイトが現れた! その隙に逃げ出すプロセッサーをヤモトが追いかける。一方その場に残ったニンジャスレイヤーとネザークイーンは、レッドゴリラとアロンダイトとの決戦に臨む。その激しいイクサを傍観者めいて見ているニュービーニンジャ、シルバーキーだったが……。果たして勝利の天秤はどちらに傾くのか!? そして新章開幕! 冷酷非情なニンジャ、ダークドメイン、その恐るべきムシアナ・ジツにニンジャスレイヤーよ、如何に戦う!?
大恩ある師の孫娘、豊満美女のユカノをザイバツの手から守り切ったニンジャスレイヤーに昔からの協力者であるもう一人の眠れる豊満美女、ナンシーの身が危ないとの一報が入る。急遽、彼女が眠り続けるネオサイタマのノビドメ・シェードに入ったニンジャスレイヤーの前にアマクダリ・セクトのモータヤブ改善が立ちはだかった。さらに街の至る所に仕掛けられた爆弾の罠が彼を襲うが、辛くも地下に入り難を逃れるニンジャスレイヤー。その頃、カンオケ・ホテルの一室で眠り続けるナンシーに、ヤバイ級のヘンタイニンジャ、モスキートの汚染血液滴るニードルが迫っていた。急げニンジャスレイヤー、急げ! ナンシーをウルトラハードな蹂躙の危機から救え!!
ワイルドハントとのイクサが終わったと思いきや、ザイバツとアマクダリがニンジャスレイヤーを強襲。ジリープアーに陥るかに思えたその時、ネズミハヤイDIIIが現れてニンジャスレイヤーを救い出した。そして窮地を脱したニンジャスレイヤーは師の孫娘、ドラゴン・ユカノを預けたネオカブキチョの一角にあるバー「絵馴染」にいた。そこへユカノをさらうためザイバツのニンジャ、メンタリストが現れる。ユカノを護るべく戦うニンジャスレイヤーとヤモト・コキだったが、メンタリストのゲン・ジツに翻弄され、ユカノは連れ去られてしまった。その直後ニンジャスレイヤーに謎の電話が入る。電話の主よりネオサイタマにいる双子のザイバツ・ニンジャの弟、アンバサダーを捜せとニンジャスレイヤーは指示を受けるのだった。ところ変わってキョートでは、探偵でありニンジャとなったタカギ・ガンドーが双子ニンジャの兄、ディプロマットの元を訪れていた。ニンジャスレイヤー、ガンドー、双子のディプロマットとアンバサダー、ネオサイタマとキョートで四忍とザイバツが激突する!!
強敵、メンタリストに対するアンバサダーとイグナイト。そのイクサにニンジャスレイヤーが介入してきた。メンタリストの強力なゲン・ジツ、そのことごとくを打ち破るニンジャスレイヤー。マッポ、デッカーの横槍がありつつも、見事メンタリストを降し、ニンジャスレイヤーがイクサを制した。それを見たアンバサダーはキョートに繋がるポータルを開く。そこにニンジャスレイヤーが迷わず飛び込むと、それを倒れたと思われていたメンタリストが追う……。ポータルの中を進むニンジャスレイヤーだったが、キョートではなく異世界めいた戦場世界の荒野に流れ着いてしまった。その硝煙薫る荒野に金属質なピンク色のニンジャ装束が一つ……、ザ・ヴァーティゴだ! アイサツを交わす二忍……。そこへさらにオバケめいたニンジャ、インクィジターが現れた! 果たしてニンジャスレイヤーは、無事キョートへ辿り着けるのか! さらに新章「シャドー・コン」開幕! 秘密めかした闘技スポットで開催されるニンジャによるバトル・トーナメント、そこで起こる大番狂わせ……。そこにはあのニンジャの影があった!!
ネオサイタマでラオモト・カンを斃したニンジャスレイヤーがガイオンシティで大暴れ! と言いたいところだが北斗の拳のケンシ○ウ宜しく今回も満身創痍であった。 5巻まで来てダークニンジャ=サンと妖刀ベッピンの忌まわしき過去が記され、これまで以上に敵側であるダークニンジャ=サンにスポットが当たる。 イイゾモットヤレと言わんばかりにやる。 「三度呪われろ!!!」