就職浪人中の五浦大輔は、祖母の遺品の夏目漱石全集に書かれたサインの鑑定のために、ビブリア古書堂を訪れる。なりゆきで、入院中の店主の元を訪ねると、そこには高校のころ偶然見かけた美しい黒髪の女性・篠川栞子がいた。人見知りだが古書の知識は並大抵ではない栞子は、夏目漱石全集にまつわる謎を読み解き、大輔に語り始めた…。これは、栞子と奇妙な客人達が織り成す、“古書と秘密”の物語である――。