アトンの娘 1巻
古代エジプト王朝、常に権力の頂点に立っていたのは「神の子」といわれる王(ファラオ)であった。今から約3550年前、古代エジプトが勢力・文化ともに最盛を誇った第18王朝期、エジプトは多神教だったが、アメンホテプ四世と王妃ネフェルティティは、絶対無二の存在としてアトン神を信仰しようと、宗教改革をはじめた。その頃、二人の第三女、アンク=エス=エン=パ=アトン(アンケセナーメン)は姉たちに囲まれて幸せに暮らしていたが…ツタンカーメンを支えた王妃アンケセナーメンの波瀾に満ちた生涯を描く!
アトンの娘 2巻
宗教改革が難航し、王はネフェルティティをしりぞけて、実の娘メリト=アトンを王妃とした。そして、自分と同姓愛関係にあったセメンクカラーとメリト=アトンを結婚させ、アメン=ラー神官団と王室の融和をはかるため、旧都へ向かわせた。残された王は三女アンク=エス=エン=パ=アトン(アンケセナーメン)を王妃としたが、病に倒れてしまう。その時、アンケセナーメン若干13歳。彼女は、王の死の瞬間から、エジプトで最高の権威を持つ立場となった――。
アトンの娘 3巻
ルウ(ツタンカーメン)とセダ(アンケセナーメン)は、ネフェルティティから自立しようと旧都へ移り、アメン神官団とやっていく決意をする。しかし、貢ぎ物しだいで幸運を与える神々たち、その神々を利用して私服をこやす神官たち、ルウとセダは神について、信仰について疑問を持ちはじめる。そんな時、セダはやっと授かった子供を流産してしまい、悲しみの中で、改めて父と母が言っていた信仰についての考えを理解したい、生命の意味をわかりたいと考えはじめた。