戦国の世、飛弾の山奥に住む日本最高の忍者・果心居士は、己の死を悟り、弟子の獅子丸に太刀を、沙織には小太刀、そして小助には空から天馬を呼び寄せる横笛を与えた。そしてその後、果心居士は日本を悪の国にしようとする大魔王ゴースンの部下・オロチの手にかかり亡くなってしまう…。しかし獅子丸は、授かった太刀で無敵の忍者・快傑ライオン丸へと変身し、オロチを打ち倒す！かくして、悪の大魔王ゴースンと獅子丸たちの戦いが始まった!!