あらすじ

ハイテクの町・ラルースシティにやってきたサトシたちは、以前怖い目にあって以来、ポケモンにさわれなくなってしまった少年・トオイに出会う。サトシはトオイがまたポケモンと友達になれるように、皆で一緒に遊んでいた。ところが、レックウザが、隕石から生まれたポケモン・デオキシスを追って町にやってきた。このまま両者が戦えば、町は大惨事になってしまう!!ただちに市民の避難が開始されたが、サトシたちは町に取り残されてしまって…!?