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世界でいちばん珍しいポケモン・ミュウから、人間の手で作られた最強のポケモン・ミュウツー。しかし、人間のために作られ、人間のために生きろと言われたミュウツーは、自分の生まれた意味がわからなくなり、自分を生み出した人間への逆襲を始めた！その頃、ポケモンマスターを目指し、修行の旅を続けるサトシは「ポケモン城」への招待状を受け取る。ポケモン城で待ち受ける、最強のポケモントレーナーとは一体…!?短編「ピカチュウのなつやすみ」も収録。
南の海のオレンジ諸島、サトシたちは島から島へ旅を続けていたが、突然の嵐でアーシア島に辿り着いた。アーシア島には「世界の破滅のとき海の神現れ、すぐれたるあやつり人と共に神々の怒りしずめん」という言い伝えがあった。「あやつり人」とはポケモントレーナーのことではないか？最近頻発している天候異変の原因とは？島に伝わる伝説に基づき、沖にある三つの島から宝を持ってくるように頼まれ、サトシは挑戦するが…!?短編「ピカチュウたんけんたい」も収録。
未知のポケモン・アンノーンを探しているシュリー博士は、手がかりを求めて古代遺跡を調査中に、姿を消してしまった。寂しがるシュリー博士の一人娘・ミーの心に反応したアンノーンは、シュリー邸のあるグリーンフィールドに巨大な結晶塔を作り出し、アンノーンが呼び出した幻のポケモン・エンテイはミーのためにサトシのママをさらって来てしまう。サトシは連れ去られたママを取り戻すべく結晶塔に乗り込むが…!?短編「ピチューとピカチュウ」も収録。
船の中で出会ったホワイトさんの村に、サトシたちは連れて行ってもらうことにした。ハテノ村の森では、「森の声」という不思議な音がときどき聞こえる。森の守り神が「時わたり」をする音だという。森の中でサトシが出会ったのは、40年前に森で消えた少年だった。時わたりをしてきた少年は森の守り神・セレビィに逢ったと言う。ケガをしているセレビィを探しに森に入る一行の前に現れたのは…!?短編「ピカチュウのドキドキかくれんぼ」も収録。
水の都アルトマーレには伝説があった。その昔、邪悪な怪物が攻めてきたとき、ラティアスとラティオスが、邪悪な闇を追いはらう力「こころのしずく」で、アルトマーレを救い平和が戻ったという。伝説は本当だった…!?怪盗姉妹が伝説のポケモンと宝石「こころのしずく」を狙ってアルトマーレにやって来た。ポケモン水上レースに出場するため、アルトマーレを訪れていたサトシは不思議な女の子に出会う。彼女の正体は…!?短編「ピカピカ星空キャンプ」も収録。
サトシたちは、千年にいちど七日間だけ現れるという、千年すい星を見ようとお祭りの場所にやってきた。そこで出会ったマジシャン・バトラーから、マサトは、千年にいちど目をさますというポケモン・ジラーチの眠りマユを託された。ジラーチが目覚めているのは、千年すい星が出ている七日間だけ。だが、めざめたジラーチの力を使って、バトラーが再生させたグラードンが、ポケモンや人々をおそいはじめた――。短編「おどるポケモンひみつ基地」も収録。
ハイテクの町・ラルースシティにやってきたサトシたちは、以前怖い目にあって以来、ポケモンにさわれなくなってしまった少年・トオイに出会う。サトシはトオイがまたポケモンと友達になれるように、皆で一緒に遊んでいた。ところが、レックウザが、隕石から生まれたポケモン・デオキシスを追って町にやってきた。このまま両者が戦えば、町は大惨事になってしまう!!ただちに市民の避難が開始されたが、サトシたちは町に取り残されてしまって…!?
それはまだモンスターボールがなかった時代、ミュウがすむという世界のはじまりの樹のふもと――オルドラン城に迫ったわざわいを、アーロンが救った。そして、アーロンは波導の勇者と呼ばれるようになった――。アーロンをたたえる祭りに参加するため、サトシはオルドラン城にやってきた。城のポケモンバトルで勝利したサトシは、その年の波導の勇者になったが、うけとったアーロンの勇者の杖から、アーロンのポケモン・ルカリオが蘇って…!?
