学校でも家庭でもヒドイ目に遭っている女子中学生の彩。彼女は、あるサイトと契約し魔法の力を手に入れる。だが、それ故に過酷な運命に巻き込まれ…!?

テンペストの情報を知る潮井は昏睡状態。彩と奴村は彼女を復活させるステッキを持つ魔法少女を捜すことに。手がかりとなる“さつりく帳”の中に見覚えのある顔が…!?そしてその娘はなんとアイドルで…!?

彩と奴村に報復するため魔法少女になった雫芽が退院し、再び登校。奴村の体には異変が…!?　さらに超人気アイドルの穴沢虹海が彩のクラスに転校してきて…!?

ビルの倒壊に巻き込まれた彩と奴村は意識不明のまま。そしてサイト管理人・漆の凶弾に、雫芽は倒れてしまう…。意識不明の重体だった潮井を治した雨谷小雨は魔法少女で、しかも別のサイトからステッキをもらったというが…!?

サイト管理人・漆に追いつめられた彩、奴村、潮井!!　一方、雨谷と清春の前に別の管理人が立ち塞がり…!?

瀕死の重傷で戻ってきた清春。小雨と共に清春に治療を施す彩は“これは自分の兄のせいだ”と告白し…。一方、経過報告会議をするサイト管理人たち。そこで漆は人間の協力者がいると告げ…!?

穴沢虹海の死を受け入れられない彩の前に、雫芽さりなが現れた。さりなは彩にステッキを渡し、共に魔法少女サイトを討とうと誘うが…!?

つきつけられた残酷な現実を受け入れるしかない彩たち！　“サイト管理人”とは…“魔法少女”とは一体、何者なのか!?　“魔法少女サイト”の真の目的とは!?　一方、失踪したはずのあの男に不穏な動きが…!?　激しさを増す、対サイト管理人戦…彩に決断の時が迫る！

妹が殺されたあの日からすべてが変わってしまった。湖村花夜、中学２年生。学校では“殺人鬼の子供”と罵られ、家では病床の母の看病をする毎日。彼女もまた『魔法少女サイト』と出会ってしまい…。

収監中の父がこぼした“A”と呼ばれる存在。妹は本当に魔法少女サイトのステッキで殺されたのか!?　“A”とは一体、何者なのか…。真相に近づくため“さつりく帳”を頼りに魔法少女捜しをはじめた花夜と酒木だが…!?