ふつうの高校１年生、貴衣とつくねの学校に魔法少女が出現！不思議な力で次々と同級生を殺していき……。未曾有の絶望パニックホラー開幕！

阿鼻叫喚と化した学校から抜け出すことに成功した貴衣たち。街で合流した同級生とともにモールへと逃げ込む。そこで彼らが目にしたものは…!!

巨大な魔法少女が暴れ、逃げ込んだモールが倒壊し、一行は二手に分断される。貴衣たちの前に現れた新手の魔法少女により、楓、姫路、芥が消され、ついには貴衣までも消されてしまい…!?予測不能！驚天動地の新展開…!!

つくねの父・誠一により蓮たちは一命を取り留める。だが意識を取り戻したつくねの身に異変が…!?死の病院編！最凶の魔法少女出現!!

強化された魔法少女たちから間一髪逃れた芥たち。さらに芥はこの状況を脱し、魔法少女らを殲滅する方法があると言う…。一方、貴衣のために院内に向かった楓に変わり果てたつくねの凶刃が迫り…!?

生存者が次々と集まった病院の屋上。そこで芥からつくねを殺せば世界が救われると聞いた貴衣。葛藤の末、貴衣が手渡されたステッキでつくねを撃つと、世界は音を立てて崩れ、深い闇に包まれて…!?

徐々に明らかになる姫路とパペットマスターの狙い。仲間になった魔法少女との“混FUSION”とは一体…!!

ラボで待っていた殿ヶ谷から衝撃的な事実と“未来行き”を告げられ、複雑な胸中のまま各々の家へと戻った貴衣たち。わずかな安息も許さずパペットマスターたちが急襲!!　何度も再生する奴らを倒すため、魔法少女たちがとった行動とは…!?　「番外編-Another Beginning-」（週刊少年チャンピオン2014年41号収載）も収録。

舞台は未来……。製薬会社ヴァレリーベ社長の白金宗は、自社の新薬開発に貢献した息子・忍に、突然死した母を蘇生する薬の開発を依頼。そしてその際に宗が忍に託したのは“魔法少女の血”で…!?　驚愕のダークサスペンスホラー、Season２開!!

試験管から放たれた謎の少女。猛獣を軽く屠る力を有しており、さらに姫路弥という名前を与えられて…!?　警察の拘束から逃れたみかのの前に、変わり果てた姿の忍が現れて…!?　解放されし最恐最悪の力!!　抗う術は……!?