現実(うつしよ)は夢、夜の夢こそ真実(まこと)――。ある日、九州地区を担当する土曜星の夢使い・茶川三時花(さがわさとか)が上京、三島姉妹のもとを尋ねて来た。三時花はかつて隠れキリシタンがいた甕島(みかじま)で、一夜にして島民全員が蒸発した事件を担当していた。事件が起こる前に、三時花の知人への謎の電話が告げた「小さな人間が入った黒い石」の行方を追って東京に来たのだ。同じ頃、甕島の宗主の子孫の家には、胸に「小さな人間が入った黒い石」とガラクタで出来た身体をもつ少女の姿があった……。『鉱物の聖母』編、これより開幕。