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東洋の全体主義国家大東亜共和国では「プログラム」と呼ばれる殺人実験が行われていた。全国の中学３年生のクラスから実験対象を任意で選び、最後の一人となるまで殺し合わせるという残酷なルール。城岩中学の３年Ｂ組の42人は、まさか自分たちがそのデス・ゲームに巻き込まれるとは、知る由もなかった…!!

上京後、自堕落な日々を過ごしていた伊藤開司（カイジ）は、ある日金融業者の遠藤により、かつて自分が保証人になっていた借金を押しつけられる。遠藤に誘われるままカイジは負債者に借金一括返済のチャンスを与えるというギャンブル船「エスポワール」に乗り込む。そこで行われるのはカード12枚を使った「限定ジャンケン」。うまく勝てば借金は帳消しだが、負ければ命の保証は無いというものだった……。