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逢魔ヶ刻――。暗くなり、「魔に逢う」とされる時間。動物好きの蒼井華は、憧れの飼育員になるため、山奥の動物園に初めてのアルバイトへ向かう。しかし、日が暮れ始める頃…!?ようこそ、逢魔ヶ刻動物園へ！

上野原動物園のペンギン舎の中では、ペンギンたちが可愛い動きで客を楽しませていた。そこへ閉園のアナウンスが流れ、さっきまで演技していたペンギンたちは一斉に帰りだす。中途採用でこの動物園へやって来たギンペーは、もっと客を楽しませるために毎日リハーサルしようとペンギンたちに提案する。しかし、ペンギンたちは勤務時間外に働くのを嫌がり帰ってしまう。

レッサーパンダのウンチはいいニオイ!?　チンパンジーはおふとんをかけて寝る!?　ハシビロコウはおじぎをする!?　亡くなった動物は獣医が解剖したり剥製や標本にするって知ってた？　動物たちのウンチはどうやって処理してるの？　猛獣はいつから直でふれあえなくなるの？　動物園で働いていた獣医さんがコッソリ教える、 かわいい動物園の動物たちの知らないお話がたくさん！

斜陽の極楽島動物園。不幸が続いて動物はメスばかりに。その上、園長の怪しい研究で動物は夜になると女の子の姿に！　飼育員の種田くんは夜な夜なけもっ娘たちと…!?

主人公・つみきの家は動物園。人間が大嫌いな彼女の心の支えは、かわいい動物たち！　ところがある日、動物たちの背中に「謎のファスナー」があることを発見する。おそるおそるそのファスナーを開けると、中から出てきたのは……!?

文芸部に所属する高校２年生の宍戸牙王（ししどがおう）は、部活仲間の日辻萌衣（ひつじめい）に片想い中。ところがある日、メイが部活にぱったり顔を見せなくなる。心配した牙王は放課後、メイを尾行するのだが、向かった先は……動物園!?実は、メイの正体は動物園の園長だったのだ!!マメジカ、ダチョウ、カバ、ライオン、アビシニアコロブス、ゾウ。個性豊かな動物たちに見守られながら（？）牙王とメイの恋が走りだす――!?