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子どもの人数が違うのですが、質問文から浮かんだのは、 草野誼先生の「ガレージ・ママ」です。 いかがでしょうか？

山川直輝（原作）先生と奈央晃徳（作画）先生の 『100万の命の上に俺は立っている』だと思います。 私もこのシーン、とても印象的だったので。 ただ、web連載などで読んでいたため、 コミックスを持っていなくて何話かが確定できません、すみません。 https://pocket.shonenmagazine.com/episode/13932016480029113146 このサイトでいうと、多分、 島の戦いでのオーク戦の終盤、グレンダさんが出てくるまでの間、 だと思うので、#20〜#24のどこかだと思います。 コミックス 5巻...くらいでしょうか。

分かりました！！ 篠原千絵先生の「空の消失点」（そらのしょうしつてん）です！ 質問文を読んだ時から、 「確かにそんな感じのを読んだ」と思っていて、 ペンションで2人で泊まったのに1人で泊まってたと言われる話な気が、とか、 机にぶつかるシーンやその前後も浮かぶものの、どうにも思い出せず。 文庫や短編集にも見つからないので、 「篠原千絵」の情報で勝手に脳内で作っちゃったかなあ、と思いつつ...。 「もしや長編の巻末に入ってる？」と思い、総当たりしてみましたら、 闇のパープルアイ、全12巻のうち、11巻に入っていました！ 週間少女コミック増刊　昭和61年10月15日号掲載、とのことです。 ああ、これで（自分が）スッキリしました！(笑) 大好きだったのに（80年代までは全部コミックス持ってるはず） 思い出せなくて、気になっていたんですー！

質問文からなんとなく浮かんだイメージだけなのですが、 CLAMPの『ANGELIC LAYER』（エンジェリックレイヤー）はいかがでしょうか？