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・紙と違いDVD付きや作品に因んだ特典が無く引き換えコードと言った手に入れる機会がまったく存在しない
・作品によってはカラーページがある無しの差が激しい(最低でも巻頭やセンターカラーは当時のカラーページで載せて欲しかったり一部のコマや作品によってはカラーページして欲しい)
・サイトによっては取り揃えの数やクーポンのある無しやクーポン使用の際の条件や差が厳しい(例えば出版社やジャンル縛り等)
・初版の帯の付いた表紙、裏表紙のイラストが無い事が多い
・サイトによってはポイントの還元のある無しや支払いの種類が違ったりする(プリペイドカードの種類や一部Tポイントでしか還元しなかったり等)
・途中or完結巻からいきなり電子限定になる作品が年々増えてきてる

個人的に電子版でのデメリットはこんな感じですかね