しょっぱなから、ちょっと逸れるかな？っていう漫画で申し訳ないんですけど、「バガボンド」とかどうでしょう？
宮本武蔵の一生を扱っているんですが、井上先生は生命とはみたいなことも表現しようとしているような気がし気がしています。

哲学とはちょっと違うかもしれませんが
不思議な少年/山下和美
は人間の不思議さについて探求している漫画ですね

ここで第1話が読めます。

http://morning.moae.jp/lineup/8

不思議な少年 / 山下和美

時間と空間を自由に超える少年は、人間の不思議さにひかれて永遠の旅を続ける。「モーニング」誌上で圧倒的な支持を受け続けてきた山下和美のライフワーク、「モーニング・ツー」に登場！

第4話は歌の話はすごい感動した。

そんなまじめな貴方に。
『まじめな時間』清家雪子

http://kc.kodansha.co.jp/title?code=1000005905

「まじめな時間」既刊一覧　講談社コミックプラス

「ねじの人々」は哲学の漫画

「ＷＨＩＴＥ　ＮＯＴＥ　ＰＡＤ」は自分ってなんだ？って主人公たちが考え始めているので哲学だと思います。