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アスカマ・ニグに天使を攫われたココ!!　奪還を目指して、ツインソード号の仲間と共にニグの愛船・ゼルヴァンス号に潜入するが…!?

ライラ姫とレインを連れ、“ゼルヴァンスの世界”を目指すニグ!!　その追跡を図るココとカフェルは、密かにレインを奪還し、反撃開始!!　やられっぱなしじゃ終われねェ!!

ゼルヴァンスの世界を目指す鍵となるライラ姫。帰城した姫は現実的な判断から、新世界への冒険をある男に託していた。伝説の海賊バーツの復活を祈りながら…!?

かつて世界を救った伝説の海賊クレイジー・バーツが、永き眠りから復活!!　ゼルヴァンスの世界を目指し、元クルーのココと勝負することになったが…!?

ゼルヴァンスの世界を目指すバーツたちに立ちはだかったのは、死神デッド!!　元クルー同士の悲しき死闘の行方は…!?　そしてゼルヴァンスの謎を知るフェンデルから衝撃の事実が…!?

デッドとの死闘に勝利したバーツは、救出したフェンデルから衝撃の真実を聞くことに!!　200年前、この世に恨みを抱き地下世界へ辿り着いたゼルヴァンス・ゴート。彼が記した“激道旅伝”の改訂版には細菌によるこの世の破滅が加筆されていた!!　しかも不死の薬を飲んだゴートは未だ存命だという…。ゴートの思惑はいかに!?　この世は滅んでしまうのか!?　大海賊バーツとスイートマドンナ号は、地下世界へ…!!

“細菌による世界の破滅”……激道旅伝に刻まれた不吉なる予言!!　その真意を問うべくゼルヴァンス・ゴートが支配する地へ降り立ったバーツだが…!?

地下世界の地図を入手したココ!!　そこに記されたカルロの街を目指して旅する途中、命守の里でゼルヴァンスの悪意を知り…!?

200年前の大海賊であり、今は地下世界の支配者・ゼルヴァンスを倒すべく、その配下アルバとの激闘を制したバーツ。戦利品として機動力の高い飛空艇を入手し、バーツの冒険は加速する一方で、吐血したチャコを号泣しながら抱きかかえるココの姿が!!　惨劇の理由はゼルヴァンス配下カルロの拠点をココが訪ねた時に起こった!!　海賊ツインソードに一体何が…!?

地下世界の創造主ゼルヴァンスが地上に復讐すべく造り上げた“細菌”とは、超巨大怪物だった!!　その怪物を始動させたゼルヴァンスの、当面の狙いは地下世界の光源“天源宿木”の破壊!!　光を奪われた地下世界は滅亡するしかなく…そんな危機に瀕して、ココとバーツが、ついに共闘を決意!!　かつて世界を救った英雄と、その背中に憧れ続けた海賊が、巨大怪物に立ち向かう…!!

ゼルヴァンス・ゴート配下のデイトに海賊としての資質を試されたココとバーツ。見事合格を勝ち取り、ゴートとの直接対面へ!!　初めて見る地下世界の創造主はスケールのデカい、まさに巨凶!!　さらには大量の巨獣兵器を従え、地上世界を殲滅せんと野望を滾らせていた!!　その蛮行、絶対に許すまじ!!　ココとバーツ、そしてクルーたちは、最終決戦へと覚悟を固め…!!

地下世界の創造主ゼルヴァンス・ゴートと対峙したココとバーツ。自分勝手な理由で地上世界への復讐を目論むゴートに怒りを禁じえない2人はゴートに対して宣戦布告。クルーたちも最終決戦に向けて準備を重ねる中、古文書から“火を噴く花”の存在を発見。決戦への有効な兵器として確保すべくスパードたち一隊が遺跡へ向かうが…そこに現れたのは超獣テフ!!　暴風雨のように猛るテフはスタッグを攫い遺跡の奥へと姿を消した。その頃、バーツとココは地上世界へと続く天空の穴を塞ぎに飛空艇で向かうが、そこに待ち受けていた試練とは…!?

地上世界への復讐を目論むゼルヴァンス・ゴートが地上殲滅作戦を始動!!　大量の巨獣兵器“細菌”を率いて地下から地上へ進軍開始!!　対するココとバーツは各々のクルーを総動員し、ゴートの野望に立ち向かう!!　そして地上の海賊、デッド、ハルク、ナッツ、バクチ、そして生き返ったニグも参戦し、世界を救う最終決戦に挑む!!