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14歳の木賊彦の叔母・姫香が勤める恐竜研究所は、化石ではなく生きた恐竜を蘇らせることに成功。だがある時、モンタナで白亜紀の地層から現代人のものである人骨を発掘した姫香は、現代で恐竜が生まれると、代わりに現代に生まれてくるはずであった人間が、白亜紀に生まれているのではないかと推測する。双子として生まれるはずだった彦の兄弟も、実は白亜紀で生きているのでは…？そんな思いが彦の頭をよぎるが、事態は思わぬ展開を見せ!?
恐竜研究所を買収したレックスカンパニーの八雲は、恐竜を蘇らせるという姫香たちの研究が偶然生み出したタイムジャンプの原理を欲し、研究を引き継いだ稲川博士が開発した、タイムジャンプを可能とするチェンジクリスタルとマイクロフィルムを奪おうとする。稲川博士から、技術の悪用を阻止するように頼まれた彦だったが、チェンジクリスタルの作用により、白亜紀で生きている双子の弟・オルフと入れ替わってしまう。現代に飛ばされたオルフは、姫香や家族の助けで無事に過ごすことができていたが、白亜紀へと飛ばされてしまった彦は……。
彦と入れ替わるかたちで、白亜紀から現代に飛ばされてしまったオルフは、現代に馴染めず、白亜紀に帰りたい思いが日増しに強くなっていた。その思いから、チェンジクリスタルを求めて深夜の恐竜ランドへと忍び込むが、失敗。一頭の恐竜・マロプと共に逃げ帰って来た。だが翌朝、世間では恐竜が盗まれたと報道され、木賊家のあるマンションは警官たちに包囲されてしまう！小麦とマロプと共に包囲網を突破し、丹沢山中へと逃げ延びたオルフだが、一方で姫香は、八雲の手に落ちてしまって…!?
恐竜ランドから白亜紀に帰ろうとしたオルフは、小麦と姫香を巻き込んで、人類と恐竜の混血が進んだ、白亜紀より数千年以上後の時代にタイムジャンプしてしまう。一方、白亜紀にいる彦は、トダムたちと共に八雲の追手をかわし続けていた。しかし、白亜紀の過酷な環境と逃亡の疲労から、彦の心身は疲弊しきっていた…。そんな時、彦の不注意からブチがいなくなってしまい…!?
ジャングルをさ迷っていた彦を快く受け入れた金雀児という男。だが、彼もレックスカンパニーの関係者の一人だった。しかしそれに気付いていない彦は、病気で倒れたトダムを彼に任せてしまう…。そして彦は、ディノニクスのウルルと共にレックスカンパニーのキャンプを発見し、現代に帰れる装置を奪取するが…!?一方、病気で倒れたトダムを看病する金雀児は、彦の存在を人質にし、目覚めたばかりでまともに動けないトダムを陥れようとする…！
それぞれの時代で同じ瞬間にタイムジャンプした彦とオルフ。このことが影響を及ぼしたのか、双方は予定より８年後の世界にジャンプしてしまう！1999年へとジャンプした彦は、そこで金雀児と再会するが、環境汚染が進む地球を救うため、マイクロフィルムを渡してほしいと言われる。一方、オルフたちを待っていたのは、現代の文化を享受する昔の仲間と、彼らを雇い、リゾート計画を断行する金畳という男だった。しかし、金畳はレックスカンパニーの関係者らしく、オルフたちは捕らわれて監禁されてしまい…。
白亜紀に戻ったオルフたちは、金雀児の部下に懐柔された昔の仲間たちと激しい戦いになる。オルフは負傷し、姫香は拉致されてマイクロフィルムの解析を強要される。そして完成したシステムを止めるため、現代と白亜紀、それぞれの時代での戦いが始まる！すれ違い続けた双子の兄弟、彦とオルフは巡り会うことができるのか!?最後まで目が離せない完結巻!!
