大好きな家族がいて、親友がいて、時には笑い、時には泣く、そんなどこにでもある日常。見滝原中学校に通う、普通の中学二年生・鹿目まどかも、そんな日常の中で暮らす一人。ある日、彼女に不思議な出会いが訪れる。この出会いは偶然なのか、必然なのか、彼女はまだ知らない。それは、彼女の運命を変えてしまうような出会い――それは、新たなる魔法少女物語の始まり――。