天上ウテナは、初恋の王子さまを探して鳳学園の中等部に転校してきた女の子。６歳の時、彼女は両親を亡くし、悲しさのあまり雨の中をさまよい川に落ちてしまう。その時彼女を助けてくれた不思議な男性は、バラを型取った指輪を残し再会を約束して消えた。命の恩人の男性に再会するため、ウテナは鳳学園に転校。ところがこの学園の生徒会は、「バラの刻印」という謎の掟に支配されていて…!?