人無き街での孤独に耐え、元の世界に戻った京也とさやか。だが、異常をきたした闇司教は二人の前から消滅した。ホッとするのもつかの間、二人が戻った魔界都市〈新宿〉では、また新たな事件が勃発。なんと、月面に神と副都心の超高層ビル群、そして消えたはずの闇司教が出現したのだ。大穴の開いたビル群の跡に集まった京也、さやか、メフィスト、超戦士。彼らの混乱をあざ笑うかのように、月面の神は、警告ののち、すさまじい妖気の波動を地上に送り込んできた。各地でその妖気に襲われた人々が事件を引き起こし、死者が続出。波動は瞬時に終わり、何とか危機は去ったが、果たしてこの次は…!?月面の〈魔界都市〉に立つ神と闇司教の目的とは、いったい…!?