人より成長が遅いことを気にしつつも、平穏な生活を送る少女・姫川若葉。ようやく初潮を迎えたある日、若葉は幼馴染みの貴也に告白をされる。今まで気が付かなかった彼の思いに、戸惑いつつも、喜びを感じる若葉。貴也の気持ちに答えようとしたその時、突然の警報とともに、謎の放送が響き渡り…。極限の“第二次性徴”サイコ・ファンタジー、開幕。
目の前で初恋の人を殺された。自らの手で最愛の人を殺した。“つぼみ法”施行と同時に、若葉の生活は一変する。人の悪意に反応し、攻撃をする若葉の身体から発生する謎の刺。そのせいで、彼女の心は蝕まれていく。もう元の生活には戻れない。血にまみれた激動が、若葉に襲いかかる。
幼い頃から親友だった若葉とミホ。しかし、その友情は偽りのものだった。ミホの笑顔の裏に隠された、若葉に対する暗く澱んだ妬みの感情。その妬みが悍ましき刃となって若葉を襲う。
うさぎたちと第一世代の襲撃を逃れた若葉は第二世代の集まる地下壕へ逃げ込んだ。そこで知る、世界の真実とは…!?
若葉の覚醒と同時に、めいが率いる第一世代の部隊が攻め込んできた。ついに始まる第一世代と第二世代の戦争。その一方で、“外の世界”でも動乱が起きていて…!?
つぼみ、めい、そして3人目の魔女、美咲。長女の悪意と次女の善意を植え付けられ、美咲の中に生まれた“入れ替わりの魔女”。その目的は人々の救済…若葉の感応能力を利用した全人類の意思統一だった。第一世代の墓たる塔に取り込まれた若葉は、世界の崩壊に抗い続ける…。極限の“第二次性徴”サイコ・ファンタジー、希望の最終幕。