忍界大戦ももはや過去、木ノ葉隠れの里も平和を享受する時代。七代目火影の息子・ボルトは、偉大すぎる父の影響か鬱屈した日々を送っていた。新たなる災いの影にも気づかずに…。新世代の伝説が今、開幕!!
界堂エミの元に届いた“なんでも願いが叶う”と記された鉛筆。それがすべての始まりだった。コンビニ強盗に囚われ、命の危機に瀕したエミが鉛筆に願ったのは“ヒーロー”。その願いに導かれ、現れた4人のヒーローが新たな歴史を紡ぎだす! タツノコプロ×ヒーローズが贈る新時代の英雄譚!!
忍界大戦を終結させた英雄・七代目火影ナルトを父に持つ、うずまきボルト。“千年殺し”を火影に放ったり、身代金目当ての誘拐事件を解決したり…。忍者学校(アカデミー)の仲間とともに巻き起こす、ボルトの物語がはじまる!!