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ある日、町の家々が地面ごと浮き上がっては消えるという天変地異が起き、江戸中は大騒ぎ！　消えた町の中には、25年前に行方不明になった科学者、風速半平太が残した宝を埋めた場所を示す地図を持った、こまぎれこぞうと呼ばれる男もいた。その地図を求め、半平太の息子・一平太が異国から日本へ戻って来るのだが…!?　宝を奪うため、蛇の巣一族、赤マントの男、奉行所の役人たちが激突する！

村々を襲って非道の限りをつくす赤蜂族に、幕府の隠密であることを知られて殺された、木暮竜之助。それを知った弟の月太郎は、赤蜂族への復讐に燃える。そして赤蜂族が持っている日本山脈絵図を取り返すため、兄同様、隠密として潜入する月太郎。だが正体を見破られて大ピンチ！　谷底に落とされそうになる寸前、あばれ頭巾と名乗る男が現れて月太郎を救うが、油断した月太郎を突然、あばれ頭巾が…!?

かつて、ガリウム爆弾の実験で滅びてしまった地球人類。同じ頃に金星探査のため地球を離れていた一部の者たちは、帰る場所を失い、金星に移住して文明を築き上げていった。それから千年。地球再建を託された精鋭部隊、地球建設隊が地球を目指して出発し、金星の王子も、その中の日本隊に所属していた。無事地球に到着した王子たちは地球へと降り立つが…　そこで待ち受けていたのは、なんと前世紀の恐竜たちだった！　そして、その恐竜たちを操る存在が現れ…!?

イタリア・コルシカ島駐屯部隊の恐ろしい企みを探る怪傑スリーナインだが、どこかに囚われている双子の弟が拷問される度、同じ痛みがスリーナインを襲う。一方、Ｚ計画を進行中のドランイエロー閣下率いる駐屯部隊は、スリーナインの双子の弟を拉致し、彼の行動を封じようとする。スリーナイン兄弟の秘密とは!?　そして森に現れたナポレオンの幽霊の正体とは!?