退屈な日常を送っていた新導クロノ。下駄箱に入っていた「ヴァンガード」のデッキを手に入れた日から、物語の歯車が動き出す――。
新導クロノの前に現れた謎の少年――綾戸リク。「キミとファイトするためにここに来たんだ…」。相手と同じクランを自在に操るリクは、「ギアクロニクル」の秘密を握っているという――。
ショップ大会での敗退に落ち込むシオンとトコハ。クロノは2人を励ますために、ヴァンガードの楽しさを伝えようとする。さらに、クロノの家には、リクが居候することになり――。
ついにはじまったジュニア杯を、順調に勝ち進むクロノ。一方、自らのギアクロデッキでファイトを楽しむリクだったが、突然現れた謎の少年に様子が急変する――。
リクとソラに秘められた過去、カメレオンファイターとなった経緯を聞いたクロノたち。デッキとの絆とは何か、その答えが明かされる――。