何の取り柄もなく、このまま社会の歯車として生きていくと思っていた「孫浩軒」はある日突然テロに巻き込まれ、人質になってしまう。テロリストの交渉の材料として最初の犠牲者に選ばれてしまい、絶体絶命の浩軒を救うかのように空から現れたのは一人の少女だった。その少女は「天使」なのか、果たして…
浩軒のクラスに突如転校生としてやってきた美少女「瑠璃」。彼女は浩軒の眼の前でテロを武力で鎮圧した尖兵であった。突然のことで動揺する浩軒だったがクラスのみんなからはその容姿もありかなり人気な様子!そんな中、浩軒の友人であるオウが盗撮した瑠璃の写真が大事件を引き起こす。国家の秘密に触れたオウの運命は
平穏な学校生活を送っていた孫の元にやってきた、みんなのアイドル白樺先輩。彼女から突然告げられた言葉は孫の想像を遥かに超えたものだった。一方、瑠璃は何者かに襲撃され、孫浩軒にかくまわれる。あこがれの先輩からの衝撃の告白、自宅にいる傷だらけの美女(尖兵)!さあ、どうする孫浩軒!
普通の日常と瑠璃たち尖兵の存在の間で翻弄される浩軒。そして望むはずもない瑠璃と白華先輩の戦い。今、孫浩軒を中心に起こる戦争の幕が切っておろされる。
孫浩軒をめぐる戦いは多くのものを巻き込み、最終的に戦いの舞台は大国間の外交の場にまで発展していた。一方、孫浩軒は自分と瑠璃それぞれの衝撃の過去を知ることになる。
ドクターホワイト・スネークと李教官の因縁が明かされる。ホワイト・スネーク、李教官そして孫浩軒それぞれの思惑が絡まり、再び事態は急展開を見せる。彼らにはいったいどのような因縁があるのか
偽りの平和、偽りの日常。それは戦乱への準備の時間なのか。多くの者たちが、エデンの子をめぐり暗躍する。そこは敵が味方であり、味方が敵の世界。世界が戦乱に包まれる時、主人公のもとに一人の女性が舞い戻る。
遂に始まったNPSAと殷海――ひいては全世界の総力戦。偽りの日常は終わりを告げ、軒は否が応でも戦渦に巻き込まれることになる。世界各国の軍隊が街に降り立つ中、軒は白樺、そして瑠璃の助けを借りながら自由を勝ち取るために奔走するが、彼に突き付けられたのはあまりにも残酷で重すぎる真実だった。
親友の王から語られる真実。二人のあいだにあった友情は「偽り」なのか「真実」なのか。 一方、瑠璃は世界各国の尖兵との不利な戦いを強いられていた。彼女に勝機は訪れるのか
『最後の一日まで、僕は諦めない』。それが瑠璃の寿命を知った孫浩軒の決断。勝手なことを言う彼に対し激昂するも、エデンの子を護るため、不本意ながら先生ことレヴナント一行も同行を決める。一方で、NPSAと殷海の衝突のさなか、局長との通信が途絶え――。
エデン・システム――、局長により明かされた「エデンの子」の正体、彼より放たれたエデンの子の力は、離れて交戦を続けるArmy Antsとサラの元まで及んだ。尖兵の力が消え、ただの人間になり下がったことに激昂したサラの口から語られた彼女の、そしてドクター・スネークの過去…
瑠璃の元に向かう孫浩軒、そしてレヴェナント一行、辿り着いた先で彼らを待っていたものは…!日本軍尖兵・虚佐の攻撃を受け、白樺の内に封じられた過去が明かされる――
「ここは人殺しを作る施設だ」施設からの脱走をくわだてるドーチたちの言葉で、白樺は昨夜の出来事が現実だったことを知る。試験に落ちれば死、ナノマシンにのまれてもすなわち死…。一方、敵の尖兵と対峙する孫浩軒達、軒の呼びかけにより瑠璃復活!しかし、CISの部隊に包囲され――そのとき現れたのは…!
ニーナ・ピョードロフナー博士と師団長の会話を聞いてしまった白樺…。淘汰制と名付けられた試験によって仲間同士での殺し合いが始まり…!ニーナの裏切り、友の死、「もう……限界…」白樺はニーナに全てを明かすも、看破していたと嘲笑うニーナ。白樺たちを監視していた裏切り者とは!?そして、ニーナの実験の本当の目的は…!