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菌が見える特殊能力を持つ、もやし（種麹）屋の次男坊、沢木惣右衛門直保。彼は東京の某農大に入学する。農大を舞台に、沢木と研究室その他の仲間達、そして菌が活躍したりしなかったりのキャンパスライフ。大学生活のモラトリアム感と、菌が満載の「もやしもん」。あなたもぜひ、かもされてみてください。カバーや本体表紙もきっちり収録！
世界中の発酵物を探索後、帰国したばかりのミス農大・武藤が異臭を放ちながら登場！ そして農大名物「春祭」開催！ 期間中、農大は独立国と化し、門が閉鎖され校内から出ることもできず、さらには終了の条件もわからず……。謎にまみれたお祭りで、沢木達が暗躍する！ カバーや本体表紙もきっちり収録！
樹ゼミの発酵蔵稼働で、沢木達を巻き込んでのワイン造り開始。さらに世界一臭いといわれる缶詰めを実食したり、長谷川のプライベートが明らかになったり、古酒を求めて沖縄へ行ったりと大忙しの第3巻！ 謎のゴスロリ娘もちらっと登場。紙の限定版の表紙や描き下ろしおまけなども収録！ カバーや本体表紙もきっちり収録！
ミス農大・武藤をめぐってUFO研究会と樹ゼミが徹底対立！ そして徐々に明らかになっていくゴスロリ娘の正体。そうこうしているうちに、ある日沢木の菌が見える特殊能力に異変が……。紙の限定版の表紙や描き下ろしおまけなども収録！ カバーや本体表紙もきっちり収録！
蛍は日吉酒店を自分なりに改造すべく邁進中。そして長谷川は婚約者とともにいやいやフランスへ。主婦が無料配布の野菜を求めて押し寄せる収穫祭で、沢木達も一儲けすべく策を打つ。長谷川が一向に帰ってこない中、沢木達はどうする!? 紙の限定版の表紙や描き下ろしおまけなども収録！ カバーや本体表紙もきっちり収録！
ワインの本場、フランスはブルゴーニュの醸造家の跡取り、マリーに出会う沢木達。長谷川と婚約者の関係がややこしいことになる中、マリーの家にもそれなりの事情があり…。6巻は全編「ブルゴーニュ」!! 紙の限定版の表紙や描き下ろしおまけなども収録！ カバーや本体表紙もきっちり収録！
発酵蔵でしょうゆとみそを仕込む樹ゼミ一同。そして沖縄から金城とおじいがはるばるやってくる。「自分だけに知らされてないことがある気がする」と疑心暗鬼になる及川は、自分なりに校内の調査を進めるが……。 紙の限定版の表紙や描き下ろしおまけなども収録！ カバーや本体表紙もきっちり収録！
地ビールを売り込みに日吉酒店を訪れた加納に、なぜか武藤がムキになる。ビールを知るべく邁進する武藤は、ミス農大として持てるものをすべて利用し、あれよあれよという間に農大全体を巻き込みながら、ビールの祭典「オクトーバーフェスト」の開催を目指すことに。紙の限定版の表紙や描き下ろしおまけなども収録！ カバーや本体表紙もきっちり収録！
食料自給率、化粧品、キノコ、食品添加物……などなど、「菌」と「食」にまつわるあれこれを語りつつ、鍋などをつつきつつ、その間にもしょうゆやみその発酵は進みつつ。そうこうしているうちに、マリーから謎のSOSが！ 紙の限定版の表紙や描き下ろしおまけなども収録！ カバーや本体表紙もきっちり収録！
マリーを追って海を渡った某農大樹ゼミの一行。電車や飛行機を乗り継ぎ、大陸横断しながら、異国の文化に触れていく直保達。そして、ついに直保は、沢木もやしの跡継ぎの立場を捨て、海外に移住してしまった兄、直継に出会う。長年抱えてきた思いをぶつける直保に、兄直継は……。
真冬にミスコン「ミス農大落とし」が突如開催されることに。賭で金儲けを企む美里や謎の刺客を送り込む樹。男達の欲望と思惑を巻き込みながらノミネートされた6人の女（？）達！ 現ミス農大・武藤が王座を死守するのか、それとも新女王の誕生か！ イブニング連載時に読者投票で新ミス農大を決める、という無謀な実験を行ったもやしもん。11巻は全編「ミス農大落とし」!!
もやしもんは、菌が肉眼で見える主人公・沢木直保とその仲間たちと菌とウイルスが農大で右往左往する物語です。物語は沢木たちがずっと準備していた日本酒造りに突入。それに並行して「大人になるってなんだろう？」と真剣に考えたりもします。
春は新たな出会いの季節。樹ゼミの日本酒造りは佳境。そしてゼミの面々の1年間も大詰め。西野の受験の結果は？ 酒造りはうまくいくのか？ そして主人公沢木の1年間はどんな結末を迎えるのか？ 学生達と菌達がわちゃわちゃする、農大青春発酵菌漫画もやしもん、大団円の13巻！ なお、13巻目にして初、カバーの中央を飾るのは、主人公沢木直保です!!
わちゃわちゃしているのが主人公と先生まわりだけかと思ったら、学校としてわちゃわちゃしている。 そのわちゃわちゃ、もとい多様性がとても楽しそう。 その道に進まなければ、出会えないだろう授業、オリエンテーション、余暇。 菌も農業系の学校が専門とするものなのかと、勉強になった。 流行っていたときによく聞いた「かもすぞ」。 そういうときに使うのかと理解した頃合いに現れた「かもして ころすぞ」。 すごくこわいと思ったら、ほんとに怖いやつだった。 ブームになったときに見損ねていたけど、読んでみたらすごくおもしろい。 欄外に菌の説明があるので、電子版を読む場合は大きい画面が良いと思います