皇暦2010年。ブリタニア帝国に支配された日本。「エリア１１」と名前を変えられたこの国で、ルルーシュは謎の力を手に入れる…。サンライズ×CLAMPがタッグを組んだ話題の超大作アニメをコミック化！

エリア１１総督クロヴィス殺害容疑で捕らえられてしまった親友スザクを救うため、ルルーシュ扮するゼロが立ち上がった！そして、新総督としてエリア１１にやってきたのは、ルルーシュもよく知る意外な人物だった。

ブリタニア軍に多大な打撃を与えたゼロ。しかし、その背後には一般人の犠牲者が。そして、ついに第二のギアス能力者・マオが現れる。大切にしてきたものが、崩れ始める。後戻りできないルルーシュ…一体どうする!?

生徒会メンバーと行った島で、ルルーシュはギアスの紋章が刻まれた遺跡を見つける。ギアスの謎を探りつつ、ブリタニアへの復讐を進めていたルルーシュは、ついに母の死の真相を知るシュナイゼルと会う…！

学園祭やってきたエリア１１総督・ユーフェミアは、そこで黒の騎士団の存在を脅かす「行政特区日本」の設立を宣言した…！ギアスの暴走によりルルーシュは…？ルルーシュとスザクの幼年期を描いた、番外編も収録

皇帝の前に連れ出され、偽りの記憶を植え付けられたルルーシュは、ロロと名乗る弟と生活することになった。ギアスとC.C.に関する記憶を消されたまま……。

合集国憲法を批准し、日本を取り戻すためにエリア１１に向かった黒の騎士団。しかしルルーシュの前に現れたのは、エリア１１総督になったナナリーだった…。ナナリーを救い出すために電話をかけた相手とは…。

たったひとりの学生ながら、愛する妹のために世界に反逆した青年の運命は…!?大人気アニメのコミック化、ついに完結!!