サファリとはスワヒリ語で「狩りの旅」という意味を持ち、世界の平和を守る国連秘密警察局に存在するサファリ部隊という名の一課は、その名のごとく、世界中を旅して事件を解決することを使命としていた。少年サファリことニンジャ・ボーイもその課に所属するひとりで、彼は独立を叫ぶアフリカＧ国領のウンバホにやって来ていた。だが、独立運動が激しさを増す中、ウンバホの人々に慕われていたカリフ氏が殺されてしまう。そして、Ｇ国の関与を突き止めていたニンジャ・ボーイは、Ｇ国領事館に潜入するのだが…!?