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京都の自宅を訪れ、徐々に記憶が蘇る光太郎。両親を亡くした彼は、父の友人である秋月に引き取られて育ち、兄同然の信彦と共に出かけたニューヨークで、秘密結社ゴルゴムによって改造手術を施されたのだ！秘密を握る義父・秋月はオニグモ男だった！衝撃の事実を語り始めたその時、彼は何者かに殺される。「ゴルゴムに戻れ」と言い遺して…。光太郎と信彦は「ゴルゴムの子」として選ばれて誕生した…!?光太郎の宿命とは…！

過酷な宿命を背負いながらも、「仮面ライダーBlack」として生きる事を決意した南光太郎。だが、「ゴルゴムの子」として選ばれて誕生した光太郎を連れ戻そうと、怪人たちの追手が続々とかかる。一方、世界を破壊し新世界を創造するというゴルゴムの野望が世界中で進行。沖縄・那覇米軍基地より水爆投下指令発令。投下目標は…東京!?ギリシャ・アテネでは集団行方不明事件が…！光太郎は苦悩しながらも悪と戦う…!!

義理の妹・杏子を守る為、秋月家に戻った光太郎は、杏子からの恋心を受け入れられず苦しむ。そんなある夜、彼は夢の中で不思議なアボリジニの老人に出会う。30年後の未来から、世界を滅ぼした魔王の存在を知らせに来たという老人は、光太郎を救世主と呼び、「現在において魔王を倒し、世界の破滅を阻止して欲しい」と告げる。だが、老人が見せた魔王の姿は変身した自分そっくりで…。光太郎の未来は魔王か、それとも救世主か!?