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同じ星の適性擬態人タカ派の1人を葬った大佐。だが、その現場を調査する人間が…!?　組織名MIB、アメリカに本部を置く地球外生命体を追う組織だ。組織員アーサーとシェイマスは日本の特務機関の協力を得て、擬態人を追跡開始。ハト派、タカ派、人間の緊迫する追跡劇の中、恋に友情に、人間との青春を満喫する優悟!!　その放漫を見かねた大佐の決断は…!?

優悟の異星人化の決定的瞬間を押さえたMIBは、直ちに城戸家を包囲。潜伏生活発覚に気づいた大佐は、MIBの1人を拘束。そいつに擬態し、証拠隠滅のため調査員全員の抹殺に動く!!　異星人と地球人、ついに殺し合いとなるか…。その時、優悟が!?

擬態人ハト派10万人が地球に来訪して数か月。実験都市・箱庭では、優悟から同期を受けた10万人が人間の目を盗みながら共存生活を送っていた。だが高度な知性と合理性を持つ擬態人にとって、感情的な人間社会に溶け込むことは難しく、様々なトラブルが発生していた。そんな中、同化エリートとして優悟の高校に通学する能瀬や乾や八十は、それぞれの体験を通じて＜人間の特権＞を探求するが…!?　一方で共存生活を管理する運営サイドのMIBに新たなる勢力が潜入。地球人と擬態人の離間を企てて…!?

地球人との同化不良を起こした擬態人と死闘を演じた優悟。適応できない擬態人を見捨てることなく、人間との真の共存を目指すことを改めて決意した。一方で同化エリートの八十と地球人の愛海の間に重大事件発生!!　宇宙誕生以来初の局面を迎えて、2人が出した結論は…!?